被先知指引着来到程序架构师面前，而被毁灭以重塑母体世界，就是他诞生的理由。
从这里开始，电影的走向变得难以理解起来。
程序架构师给了尼奥两个选择，融入母体以拯救人类，或是放弃融入，放弃这么久以来的坚持和努力，去拯救崔妮蒂。
尼奥选择了后者。
其实这一部分的感情戏依然显得非常生硬，简直是“为了爱而爱”。
这一段剧情给克莱尔一种错觉，好像它根本不是为了展现人性的、打动人心的爱，不是为了令观众感动和理解存在的。
它只是简单地、直截了当地告诉观众：
我不关心逻辑。这行为无关逻辑，只是人类。
该死的是，经过了这样漫长的故事后，在整体氛围极其冰冷的过程里，克莱尔竟觉得被这样简单粗暴的感情戏说服了。
尽管理智上不喜欢，不接受，觉得荒诞……
但是的。
这很人类。
因为尼奥选择了崔妮蒂而没有选择融入母体，接下来人类必须面对机器人大军，紧接而来的又是大段大段的打斗剧情，史密斯特工复活，同尼奥进行最终决战……
这部分无脑打斗非常有效地舒缓了观众们的情绪，但克莱尔总是忍不住去回想程序架构师。
还有先知。
她隐约觉得这部电影讲述的东西远比她能够理解的要大，可她理解不了这故事到底是在讲述什么。
直到尼奥和史密斯一同死去，最后的最后，先知与程序架构师并肩坐在长椅上看着远处的霞光，她才如醍醐灌顶般认识到这个故事到底是在讲述什么。
它在讲机器的进化。
也许不仅仅讲述了这个，可毫无疑问讲述了这个，并以此为整个电影的核心。
机器的优越性就在于其逻辑的严密和完美，它不会出错，永远自洽，是最顶级的实干家，可局限性也就恰恰在这里，如果现有的逻辑已经足够完美，它为什么要更换和突破现有的逻辑？
因为世上没有完美。
完美本身就是一种不完美。
机器完美自洽的逻辑犹如一个闭合的环，固然它不会犯错，可它也无法挣脱原有的自我，通俗一点说就是这个系统锁死了，没办法升级。
要想进化，就必须打破原有的逻辑。
用什么来打破呢？
……爱。
并不局限于情人之间的爱，这部电影中的
…。。