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但就在战争爆发的当口，从玛雅潘城到墨西哥谷地，再到金戈城附近，许多土人大部族几乎同时爆发了天花，来势之凶让所有人都始料未及。这种在大明本土很少威胁成年的人疫病，居然可以让整个城邦八成以上的土人感染！而且感染后死亡率极高，也达到了八成以上！也就是说，一个部族只要出现天花，就是六成五以上的人会死去。这简直是屠杀，不，比屠杀更厉害。
更可怕的是，天花疫病很快在所有土人部族中流传开来，一个又一个部族驻地化为人间地狱。据后来探查的士兵说，地上满满都是死人，根本无处下脚，他们也不敢进去，只能一把火将整片营帐与尸首全部焚烧。
各个部族的祭司举行了一次又一次的血祭，向各路神灵祷告，也不知献上了多少吨的鲜血、杀死了多少无辜之人，但依旧无法阻止疫病传播，无法阻止部族的末日，也无法阻止他们自己染上这种可怕的恶疾。
但东方人却几乎没有人染上天花。这时人痘都已经在中原被发明几百年了，早在宋代就已经诞生，来到汉洲大陆的所有人都接种了人痘，不会再染上天花。不过，在大明本土人痘接种率不算高。这个时代的人痘接种还比较原始，使用的都是人身上自然发出的天花的痂，接种者有感染重度天花死亡的可能，所以不是所有人都愿意接种；但来到汉洲大陆的都是流放犯，接不接种自己说了不算，都被官府强制接种了。既然已经接种过人痘，当然不会再得。
汉洲大陆的土人很快发现东方人不染天花。他们马上想出了许多解释，都与神灵有关，有土人说天花是大明的神灵制造出来的，是在惩罚他们。这个说法很快在各地流传传开。不用说，又引起一场又一场的血祭。祭司们发了疯一样的杀人放血，乞求本地的神灵打败外来的神灵，但毫无用处，疫病还是继续流行，继续吞噬着他们的生命。
这时一个新的解释出现了。这个解释的内容为：其实汉洲大陆的土人祖上确实来自中原，是殷商败亡时东迁之人的后代；他们所信奉的神灵也是中原上古信奉之神的变化，这不是汉人在忽悠他们。而之所以天花流行。就是因为他们不认祖宗，即使新来的汉人举出种种例子也不认，所以神明降罪他们。
这个解释一出，顿时被所有土人所相信。他们哭着喊着前来觐见三位藩王，承认自己是殷商汉人后裔，请求神灵宽恕他们。
允对他们的请求莫名其妙。天花疫病的发生与他们是否承认自己是殷商汉人后裔有什么关系？但他麾下专管宗教的官员却发
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