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又过了一日，马士英拜别了前来送行的人，带着几十个家人，乘着船，沿着运河北上前去赴任，路上非止一日，终于到了凤阳。
话说这凤阳庐州，原本一向是让漕运总督兼管的。只是前些年，张献忠攻破凤阳，一把火烧了明朝皇帝的祖坟，一时间朝野震动。为了保护祖坟不至于再遭厄运，崇祯便专门设立了庐凤总督一职。一来保护皇陵，二来也是保护江南的门户。
马士英到任后，立刻查看了庐凤的防御，然后便上书皇帝，宣称兵备不足，又称发现张献忠又有来犯的迹象，要求朝廷允许他组织团练，同时就近将山东的刘泽清所部调到凤阳来救急。
马士英的这个要求自然得到了周延儒的支持，崇祯皇帝在听说烧过一次皇陵的张献忠又有袭击庐凤的可能的时候，自然也是格外紧张，加上周延儒刚刚上台，自然也不能不听他的意见。所以马士英的要求很快就得到了批准。