想要提前把《物种起源》搞出来，并不全是为了刷声望玩儿。更重要的是要让自己此后的一些行动，有理论上的支持。在很多人眼里，理论这东西似乎没什么大不了的。但是这种东西在历史上，却往往有着刀剑也无法比拟的力量。如果没有牛顿的三定律，就不可能有瓦特的蒸汽机；如果没有蒸汽机，就没有工业革命。自然科学方面的理论是这样，社会科学方面的也一样。如果没有民族主义的理论，如果没有启蒙主义的思想，资产阶级革命的道路也会艰难得多。
在人类历史上的那些划时代的，影响深远的理论中，《物种起源》是相当的有意思的一部。它需要的前置知识不多，相对容易弄出来，只是各种证据的收集需要很多的人力物力。而这在郑森这里，问题都不大。更重要的是，这个理论无论在自然科学领域，还是在社会科学领域，都可以做很多的延伸。尤其是在社会学领域的延伸，很容易就能和民族主义，和进取精神联系在一起。而这，正好可以用来给自己的人马洗脑，绝对是增强战斗力的利器。
除此之外，想办法将“物竞天择，适者生存”的思想，用“天行健，君子以自强不息”来进行合适的包装，却是最容易打动那些中二期的青年，中年，甚至是老年。这样激烈的思想在中国的传播，当然会给自己带来激烈的反对者，但也能给自己带来激烈的支持者。而这些支持者对于郑森的事业可能会非常有帮助。
为此，郑森甚至讲很多的工作都丢给了郑芝凤，和贝尔一起在书房里忙碌了差不多一个月。终于，一部划时代的巨著完成了。这部作品的体例基本上照搬来历史上原本的那部《物种起源》，整部著作分成了三个大的部分。第一部分讲生物的各种变异，包括家养变异和自然变异，以及生存斗争和自然选择。在这一部分中，全书的主体和核心，生存竞争和自然选择的原则被建立了起来。第二部分则是站在反对者的立场上给进化学说提出了一系列质疑，再一一解释，使之化解。第三个则用以自然选择为核心的进化论对生物界在地史演变，地理变迁，形态分宜，胚胎发育中的各种现象进行了令人信服的解释。
然后，郑森一边安排将这部作品的白话版本刊印出来，分发给模范军各部学习；一边将这本书的第一部分的一些提要写成文言文，然后寄给一直和自己保持着密切的书信往来的方以智、顾绛、夏允彝、陈子龙等人。
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“密之兄如晤：
夫泰西之俗，不以远游为苦。自麦哲伦氏环球之后，颇有效之者。弟与
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