败退，最后张献忠更是死在军中，大西军的残兵败将在张献忠四个干儿子的带领下退往云贵。这个时候因为满清内部的权力斗争，豪格被调回北京，第二年死在多尔衮手下，这个时候四川就形成了权利真空，正是明朝各将领的收复失地的好机会。
南明朝廷自弘光时已任命原大学士王应熊为督师阁部，樊一蘅为川陕总督，马乾为四川巡抚。永历元年王应熊病死，马乾被清军杀害。永历帝任命原偏沅巡抚李乾德为川东北巡抚，不久升任总督；又派宗室朱容藩总督军务，杨乔然、江而文为巡抚。“诸人各自署置，官多于民”。樊一蘅见十羊九牧，事权分散，上疏极论其害。永历朝廷不仅置之不理，反而又提升杨乔然为总督，任命监军道詹天颜为川北巡抚，另一监军道范文光为川南巡抚。原来的川陕总督樊一蘅“无所施节制，但保叙州一郡而已”。与此同时，永历朝廷又听从委任的各总督、巡抚的保荐，给大小军阀加官进爵。这种一味以官爵收买人心的愚蠢做法，更加剧了四川军阀的割据和倾轧。反观清方，豪格率军返京时只指定一名总兵（先为王遵坦，后为李国英）任四川巡抚，尽管兵力远逊于南明川黔“诸雄”，却因事权统一，始终固守着以保宁为中心的川北地区。
南明川黔各军阀本已割据自雄，朝廷又叠床架屋地委派总督、巡抚等方面大员，随之而来的是互相争权夺利，抗清大业被置之度外，文官武将热衷于大打内战。在永历二年间先后发生杨展攻杀马应试又被王祥击败之战；王祥与皮熊之战；袁韬、武大定杀害杨展、攻占嘉定之战；李占春等攻杀朱容藩之战。