此时在“国家统一委员会”内部，被奉系的压力和国民党孙逸仙的威望强行凑起来的这种表面上的统一，开始在战事告一段落后重新分化了。它的主要纷争体现，就在一面小小的国旗上。
国旗是国家的象征之一。早在武昌起义后，在南京肇建的中华民国临时参议院就因各省革命军使用的军旗不一致而引起各省代表的争执：
鄂、湘、赣三省共进会使用铁血十八星旗，代表十八行省；苏、浙、皖三省的同盟会使用五色旗，以红、黄、蓝、白、黑代表汉、满、蒙、回、藏五族的共和；粤、桂、闽、滇、黔五省则沿袭同盟会传统，使用青天白日满地红旗；陈炯明在惠州举兵时曾采用井字旗，会师广州后，未再使用。
在民国之初，取代了清朝黄龙旗后的法定国旗是五色旗，这是1911年12月2日各省都督府代表联合会的作出的决定，以五色旗为临时国旗、武昌首义的铁血旗为陆军旗、青天白日满地红为海军旗。
当时的大元帅黄兴因孙逸仙看好青天白日满地红，也曾有过争论，因此迟疑不肯遽定。然而上海的报纸已经将有关消息披露了出去，在这种情况下，黄兴认为：“既经露布，用不着我核定，况国旗应由法律定之，只好待诸异日。”
此时的孙逸仙在海外力阻英法俄继续提供军资给满清军资，因此未与之闻。
次年南京临时政|府成立，孙逸仙被选为临时大总统。他虽提倡使用青天白日满地红旗，但考虑到五色旗原为清朝海军一、二品官的官旗、北洋水师之军旗、革命党革命时期江苏、安徽、浙江等省也多用此旗，另外为争取袁世凯倒戈革命，便继续认可了。
这个时候的旗帜使用是很乱的：临时参议院通过五色旗为临时国旗、十八星旗为陆军旗、青天白日满地红旗为海军旗，五色旗还被用为海军舰艏旗。同年临时参议院迁到北京后再审国旗案，只是陆军旗改为十九星旗（加上东三省），其它的都未改变。
到袁世凯称帝时，其它的都改过，只留了五色旗作为国旗。在此期间，奉军一直用五色旗用为自己的军旗，但无陆军、海军旗之分。直到张汉卿在宁夏改编，人民军诞生，奉系便产生两种军旗：老奉系为五色旗，少帅系为黄|星红旗，各不体属。
1921年孙逸仙在广州就任非常大总统后，明令废止五色旗和十八星旗，以青天白日旗为党旗和军旗，以青天白日满地红为国旗；而在这个时候，张汉卿则把五星红旗这面党旗高高挂起，并成立了同样以五星红旗为招牌的政|府
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