县，颇有政绩。
1623年丁父忧返里，与西洋教士艾儒略往还，后受洗入教，取名多默，曾为艾氏所著性学觕述作序。
1628年，擢户科给事中，屡疏劾斥掌权佞臣，皇帝多采其言。后遭温体仁、周延儒等排挤陷害，与其师钱谦益同贬削，继而罢归常熟。式耜在乡颇治园林，以诗酒自遣，集大儒隽语为《愧林漫录》十卷。
颜常武进南京后，诏瞿式耜进京侯用，瞿式耜以腿疾坚拒，当时颜常武大怒，曰“士大夫不为君用，罪至抄斩！”
想将他拿下，瞿式耜素有清名，朝中大臣为他打掩护，颜常武给了他们面子，待到东林党灾厄起，瞿式耜是东林党，早不在朝，终究难以入罪，遂不了了之。
朱由榔欲要起事，必得有人撑台子，于是延请瞿式耜入幕，瞿式耜大喜道：“桂王乃神宗子嗣，拨乱反正，岂敢不从！”
瞿式耜相助，正是他以他的名气策反了林佳鼎，林佳鼎坐在瞿式耜对面，当时他在广州，与瞿式耜相见，瞿说明来意，曰：“敢为天下先，瞿某何惜此身！”
当时诸人虽然意动，但无人敢先动，瞿式耜意思是说自己随朱由榔首义，林佳鼎慨然道：“汉贼不两立，吾当从之！”
他不顾在新明的高官厚禄，义无反顾地加入了造反派队伍里，以为自己为义而行。
除此两君，又有文臣吴贞毓、武臣马吉翔、刘承胤、宦官庞天寿等帮衬，更有一群地方士绅为其摇旗呐喊，积极出钱出粮，一起坐在堂上，势力渐起。
朱由榔夺得肇庆，心中大喜，乃召众相议，以为久远之计。
他先谢过诸人给力，然后假惺惺地道：“本王不才，常念皇兄知遇之恩。今有南京歼夫银妇勾结内外，弑君意图篡位，党同伐异大肆屠杀忠正之士，太祖传下来的江山危在旦夕，本王实不忍心国祀败坏，提倡首义，复我大明江山！”
众臣齐声道：“桂王殿下首义，深得民心，天下必群起响应，反贼授首，指日可待！”
说得冠冕堂皇，实际上他们快顶不住了！
南京城里，马士英上台后急于出政绩，狗急跳墙，比张居正还要正得多！
张居正行新法，即丈量土地和摊丁入亩，让士绅地主阶层的利益遭受巨大的损害，严重压缩他们暗箱操作的空间。
他的改革给明朝国库带来了巨大的财政收入，但触怒了官僚与地主阶层，张居正死后遭到清算，所制定的新法也大部分被废除，旧的利益集团依然保留下
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