六部品秩后，六部变成直接对皇帝负责，职权完整，而且在内阁之上。
皇帝想“以小制大”，内阁官员五品，而六部尚书至少从二品，自然不服气内阁的管制。
随着内阁品位的提高，又有票拟权，内阁比六部更接近皇帝，部权便在不同时候、不同程度上为内阁所侵。
但是，内阁毕竟不同于中书省。
从制度上说，六部不必听命于内阁，而内阁则“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。于是内阁借位尊势崇而力图控制六部，六部则钻内阁没有法定地位和权力的空子，力图摆脱控制。因而阁部经常争权，尤其是争夺人事权。
这一斗起来，自然不会有好结果，狗咬狗，一嘴毛，内耗之事少不了。
如今给内阁正名，内阁位在六部之上，等于重建中书省。
“学生杜威，请问马相，学生内阁权大，相当于中书省，相权过大，朝廷如何制衡？”大会允许提问，一个年轻儒雅的学生站起来问道。
暗呼这个问题问得好，马士英介绍道：“内阁不同于中书省！内阁阁员由上位者决定，有任期限制，一任四年，如做得好可再做一任，但不能第三任……”
终究有的话不可说出来，在前明，为了制约内阁，皇帝动用了家奴，内阁的票拟即处置权必须经过司礼监TJ的批红，这是皇帝扶持TJ对付内阁，加强皇权。
虽然首席内阁大学士（或称内阁首辅）有票拟的权力，但却不得不依赖于内部太监送达批红。
首辅大学士的职权如同以往的丞相，但必须与宦官合作，才能执掌大政，如张居正结合冯保。
司礼监TJ代帝批红，权力很大，又成立什么东厂、西厂南厂北厂的，把文官们弄得欲仙欲死。
一些皇帝利用司礼监TJ，对文官进行斗争，以免内阁权限过大，有的皇帝如崇祯，玩脱了，自废武功，将阉党一网打尽，没有了制衡，那些文官们对上怼皇帝、内部狗咬狗、一事无成，累及三军，以致于崇祯狂呼：“忠贤若在，事不至此！”
新朝了，朝廷废除了司礼监TJ，不再给TJ以批红的权力，看似也来崇祯第二，但是！
制度上，朝廷对内阁有人事权，亦即是内阁成员都由朝廷任命，一定程度上，保证了阁员们对朝廷的忠心。
朝廷严重削弱了文官对于军队的控制权，军队只忠于朝廷，文官对于军队将领是没有话语权的，这个任命权力在于朝廷，现在就是辅国公主掌握军队将领的任命
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