登州兵乱，最终平定，被叛兵俘虏却不殉节的明守备宋光兰、分巡道王梅及相关的山东巡抚余大成等被执至京师镇抚司审问，严刑拷打，孙元化不知所踪，无法辩解，朝议将他定为祸乱之首，准备发海捕文书追缉，并收捕其家人。
正式处置没出，大明朝中还是有明白人，首辅周延儒请了徐光启过府议事。
两个都是大牛人，周延儒，字玉绳，号挹斋，明代宜兴人（今宜兴宜城镇人）。
万历四十一年（1614年）三月，会试高中第一，获会元。一月后参加殿试，又一举夺得一甲第一名，成为状元，时年21岁。连中二元，少年得志，走马京城，威风八面。周延儒中状元入翰林院为修撰。
此后一路升官，崇祯三年（1630年）二月、加太子太保，改文渊阁。同年六月，温体仁也入阁为相。九月，崇祯拜周延儒为首辅。
徐光启，字子先，号玄扈，天主教圣名保禄，汉族，上海县法华汇(今上海市)人，明代著名科学家、政治家。官至崇祯朝礼部尚书兼文渊阁大学士、内阁次辅。
徐光启毕生致力于数学、天文、历法、水利等方面的研究，勤奋著述，尤精晓农学，译有《几何原本》《泰西水法》《农政全书》等著书。同时他还是一位沟通中西文化的先行者。为17世纪中西文化交流作出了重要贡献。
崇祯五年(1632年)，以礼部尚书兼东阁大学士，入参机务，为次辅。
按东南府颜常武的认为，这位徐大人是个那个年代的“科学家”，可惜颜常武没有能力将他收入囊中，就连孙元化，要不是出了惊天大乱，颜常武也弄不来孙元化----毕竟，仕途才是那个年代里大陆的黄金职业。
幸运的周延儒非常的年轻（才刚刚40岁）就高居大明文臣之首，不过，他的额头堆出了川字形，两髺已经显白。
国势艰难，内忧外患！
不要以为明朝的仕大夫都是傻子，周延儒非常清楚关外北虏的厉害，知道对方一旦得势，那大明将会不保！
因此他还算积极支持明朝的主战派抵抗北虏，如孙元化就是他支持的对象之一，算得上是孙元化的举主，朝中多位大臣攻击孙元化，他哪还不知道对方是项庄舞剑，意在沛公！
他对徐光启说道：“徐公，孙元化是你的弟子，那些人借机攻击你所行的西法，所图不善！”
徐光启和孙元化都是小耶的信徒，明朝的仕大夫普遍看他们不顺眼，认定洋人是鬼，而徐孙两人“
…。。