国大名正如白石义城所预料的那样，派遣学院忍者上了战场，现任院长虎助可不是白石义城，他无法拒绝。
带着三千忍者部队，学院对上了岩隐。
岩隐被打的节节败退，原因在于学院中出现了超乎寻常的高手数量。
这些高手全部带着面具，从体型上看都是女人，仅仅只有二十人，但战斗力简直强出天际。
岩隐被迫撤出火之国，跟学院的部队在雨之国进行游击战。
双方有来有回的拉扯着，把雨之国搞的一团糟。
面对这种情况，佩恩几次都想出手，但却被桑枝和带土劝住了，现在不是他强行出头的时候，小不忍则乱大谋。
木叶方面，波风水门对上了四代雷影，自来也为他打下手，被冷落多年的大蛇丸，在团藏的强烈推荐下，终于重新走上了指挥官的位置，带领着一千木叶忍者和砂隐对阵。
四代火影的位置，本来已经提上了日程，波风水门毫无悬念，然而战争突如其来的爆发，又让团藏看到了希望。
大蛇丸就是团藏推出来的人，这两场战争就是木叶光与暗的争斗。
与此同时，二十多艘巨轮驶进了水之国的港口...