就在林延潮拜访申府后不久，官场上出现一次大地震。
那就是礼部尚书沈鲤请求致仕。
礼部尚书沈鲤，虽说之前一直在生病，但后来也复出视事了。这一次主动提致仕却出乎人的意料，这起因当然不是他因为生病的缘故，而是沈鲤卷入了科场弊案。
这件事要从万历壬午年的应天乡试说起。
当时主持应天乡考试的主考官是沈鲤，副主考是现任南京国子监司业，当时任翰林修撰的沈懋孝。
沈懋孝与沈鲤相善，也是清流党中一员。
当时有御史揭发说沈懋孝在南京乡试中收受五名举人每人纹银一千两贿赂然后徇私取中，收了这笔钱后还回乡大肆置办田产。
除了收受贿赂，还阿附权臣，当时应天乡试有前吏部侍郎，张居正盟友王篆的儿子王之鼎，此人也高中举人，实在耐人寻味。
此事众人都知道也是言官一贯的套路，明面上是攻讦沈懋孝徇私，实际上却是指责主考官沈鲤，但碍于沈鲤是天子的老师，不敢直言，所以旁敲侧击把沈懋孝罪名落实了，沈鲤也难辞其咎。
天子知道后将这五名举人押到京来，在礼部尚书，内阁大学士，锦衣卫指挥使的面前，让五人重考。
重考之后，这五名举人中四人文理皆通，确实是有真才实学，唯独丹阳贺学礼满篇胡言乱语，根本不具备有中式的资格。
但沈鲤上疏，这贺学礼本来也不取他的，但他是南京国子监生员，当时沈鲤，沈懋孝碍不过于南京地方官员所请勉强将他录取的，故而才录了最后一名。
不过从事情结果可以看出，其实这名御史控告实为捕风捉影，沈懋孝实没有受贿，这五名举人中四人都是有真才实学的，这贺学礼还是碍于南京官员的情面取的。
但最后天子将沈懋孝贬官一级，任两淮盐运判官。
事后此案又查出当时乡试的巡场御史林应训、张一鲲为王篆的儿子在卷子上贴号作标记。
当时林时应训已升任南京尚宝卿，张一鲲已是请疾在家，但都被天子下旨革除官籍。
但是沈鲤因为王篆儿子其实是为他所取的原因，当即上疏乞休，并请调原卷覆查，以证明自己的清白。
但是申时行既待天子温旨挽留沈鲤，又不肯调原卷覆查，沈鲤一听当即怒了，于是辞官回家。
如此申时行即将沈鲤赶回来家中，此事令林延潮有些意外，之前九卿廷议后，林延潮还以为申时行与沈鲤关系有所缓和
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