商毅也决定，釆用后世行政区域的划分方式，依次分为：省、直辖市——市（分省会市和地级市两种）——县——乡、镇四级。而在乡、镇以下，还设村一级单位。
现在自己占领的地区，分为山东、湖南、江西、浙江四个省，南京一个直辖市，台湾暂时划规浙江省管理，而各级行政长官、行政机构的名称也沿用后世的习惯，省称省长，行政机构称为省政府，市称市长，行政机构称为市政府等。但村级单位叫村委会，建立了人民公社的村，则和为公社委员会。各级行政长官都由杭州行政部指派，不过村级由本村自行选举村委会或公社委员会。
对于商毅制定的这些行政机构，众人也沒有多大的异议，其实也就是名称区别，所谓省长、市长，也无非就是巡抚、知府换个马甲罢了。因为毕竟商毅现在还没有正式扯旗自立，还不方便使用原来的官职名称；而且如果以后商毅真的开国立朝，使用新的名称，也表示新朝的新气像，与旧朝的区别。这也是顺理成章的事情。
当然商毅制定的这些行政机构和明朝最大的不同在于，县级以下还设立了乡镇一级，乡镇下面还设有村一级。而在此前历代，最小的行政单位都是只到县一级。县以下的乡、村虽然沒有里正、乡老、亭长一类的官职，但都只能算民间组织，不属于国家干部。这也造成了中国古代国家对社会最基层，几乎是一片空白，没有任何实质性的管理。也使古代社会基层实际被胥吏、地方豪强勾结把持的局面，不仅使国家的法令难以得到很好的实施，而且还加重的基层人民的负担。
不过商毅在浙江的时候，就己经建立了乡镇——村一级的行政机构，事实也证明，这样的行政机构，对于控制地方基层，确实十分有效，不仅商毅的法令、行政都能够得以比较顺利的实施，征收税赋，征调民役等方面，都比过去有效率得多，而且也有力打击了地方豪强势力，没有了胥吏矇上欺下之后，也减轻了许多百姓不必要的负担。在这战乱的时代，商毅占领地区的百姓们依然能够保持生活充足，可以说乡镇——村一级的行政机构也发挥了相当大的作用。
因此杭州的官员们对此也并不觉得意外，相反还都十分支持这一机构的设置。同时也证明商毅不仅仅是一位兵法大家，在行政治民方面，同样也表现得非常出色。
是众人都通过了自己提出的行政组织结构，商毅也十分高兴，下面就是要确定目前四省的省长人选，然后再层层建立行政机构。而这次商毅打算采用一个新的办法来确定人选，就是投票。
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