士们立刻从突破口里拼死往钟楼里冲。双方在一楼大堂展开了激战，而很快商家军就击散了一楼的清兵,又向二楼发动了进攻，这时守军的伤亡十分惨重，不断的有人被打死，从窗口扔下来，或是自己为了逃跑跳下楼去。而留在楼里的士兵则利用一切能够利用的东西进行抵抗，包括桌椅、柜子、木箱、成袋的粮食等等，都被用来当作掩体。
但在商家军的勇猛进攻下，清军终于抵抗不住，二楼、三楼也都相继失守，最后被逼到四楼的二百多名士兵全部都投降，商家军也占领了钟楼。
钟楼、鼓楼是隔街相望的建筑，钟楼被商家军攻破，在鼓楼里负隅顽抗的清军也看得一清二楚，清军在钟鼓楼区的指挥的指挥部就设在鼓楼上，这时满达海手执佩刀，刚刚斩杀了一名建议向商家军投降的偏将，刀刃上还滳着鲜血，在满达海身边还站着十几名清兵，满达海铁青脸色，道：“朝廷养兵千日，就是为了用在一时，现在南京危矣，我们身为武将，自然是为国尽忠，大家就在这里和商家军决一死战，绝不许投降。”
就在满达海的话声刚落，商家军就己经攻进了鼓楼，而这时在鼓楼对面的钟楼上，商家军的士兵对纷纷对鼓楼这边开火射击，打得鼓楼里的清军根本就不敢靠近窗户边。
而商家军向鼓楼的二楼三楼发动进攻，由于这时钟楼己经失守了，鼓楼里清军巳经沒有抵抗之力，纷纷投降，因此商家军也十分顺利的杀上了鼓楼的第四楼,而这时满达海己在这里自尽身亡了。
就在十五日下午，钟鼓楼区被清军占领，南京内城也被商家军截为两段，随着第二军向西北，第三军转向东南，开始清扫南京城里的残余清军。
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商家军对皇城的进攻也是从十五曰清晨开始。
在一夜的时间里，第一军完成了对皇城的全面包围，并且调进城大量的火炮，成进分派各部队的进攻任务，由第一师进攻承天门，第一旅为预备队；第五师进攻东安门，第五旅为预备队、第七师进攻北安门，十九旅为预备队；二十三师进攻西安门，因为西安门面对的是南京城内，因此这一路没有设预备队。
而这时清军在皇城里的驻守兵力己不足四万人，不过还是包括有八十余门火炮、五千多名火铳兵，霹雳火箭、雳天雷也都有一些。南京的皇城虽然不算高大，但也都是由大石块和大方砖砌成，十分坚固，一般的火炮对皇城城墙的作用并不大。
清晨约七时左
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