十一月十日，商家军收复南京之战正式开始。
莫愁湖位于南京外城的东江门到栅橍门，內城的三山门到石城门之间，大体呈一个东西长，南北窄的形状。驻守茣愁湖防线的清军主将李思忠将兵力一分为二，分别驻守莫愁湖的南北两岸，背倚南京城墙，从莫愁湖的南北岸边，一直到秦淮外河的河边，用泥砂布装垒成二道矮墙壕沟做为防线，并且在这两道矮墙之间，还修筑了二十余座木质结构的箭塔。
罗远斌出动第二军第三、四两个师的兵力，向莫愁湖的清军阵地发动了进攻。由第三师进攻莫愁湖北线，第四师进攻莫愁湖南线，第十三、十八旅，分别为南北两线的预备队，同时也预防南京城里的清军来支援莫愁湖。
战斗开始之后，两个师的所有火炮一起开火，向清军的阵地展开了猛烈的轰炸。其实清军驻守莫愁湖的兵力虽然有不少，但火炮的数量却远远不足，因此阵地上被打得砂石乱飞，尘土飞扬，清军只能全部都躲在矮墙后面，或者是壕沟里，根本就抬不起头来。
不过清军现在也充份的学习了商家军的战壕战术，防线还算布置得很合理，因此虽然被打得毫无还手之力，但实际损失并不算大，只是修筑的二十余座箭楼因为高高耸立，成为火炮最好的靶孑，在一阵轰击之后，所有的箭楼几乎都被击毁。
等商家军的火炮轰击稍停了一会之后，李思忠也立刻下令全军，小心戒备，因为按照以往的经验，商家军应该发动地面进攻了。但就在这时，忽然一个士兵大叫道：“李大人看，有船队来了。”
李思忠回头一看，只见从秦淮河上驶过来一支船队，约有四五十艘船，正慢慢驶到清军的背后来。李思忠也不禁大吃一惊，这支船队当然不会是淸军的，只有商家军才有。
在多铎布置防线的时候，也不是没有考虑过商家军在水面上的绝对优势，但从和商家军打过的几场水战的经验看，商家军使用的都是大船，只有在长江里才能航行，而秦淮河并不是什么大河，河面窄，河床浅，驶不了大船，商家军的战船是进不了秦淮河的，因此多铎也敢放心的在莫愁湖和玄武湖都布置了防线。
只是多铎一来是对船只水道的常识不熟，商家军过去在南京驻守时，就勘测过秦淮河航道，从莫愁湖到长江口的这一段水道是可以走护卫舰的，二来也没有想到的是，商家军的长江舰队中，同样还有大量的中小战船。因此在第二军向清军的莫愁湖防线发动进攻之后，和第二军协同作战的长江舰队第二分舰队的战船和第一分舰队的
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