对商家军的杀伤力也在逐渐的加大。由其是在五十架投石机参战之后，效果也就更为明显，投石机投出的当然不是石头，而是清军制造的手雷，其实就是带木柄的空心圆球，将引线点燃之后，用投石机给扔出去，一次可以投出五六个这样的手雷。
虽然有一些手雷落到河水里，有一些虽然落到了对岸，但引线却熄灭了，成功爆炸的，还不到一半，但这样的成绩对于清军来说，也己经是相当可观了，因为清军终于可以把爆炸性的武器打到秦淮河北岸去了。而且随着扔过秦淮河的手雷越来越多，商家军的伤亡也在开始增在，同时防线也终于松动了。
而且和商家军的火炮的准度较高，而且主要是针对清军的阵线和河里的船筏，并沒有故意攻击建筑，而清军仍出的手雷就没有任何准头可言，只能说是扔到那里算那里，因此有不少是落到建筑上，在爆炸破坏之后，还引起了许多的着火点，在这个时候，商家军当然没有精力来救火了。虽然现在的火势还不算大，但这个时代的建筑都是以木质居多，一但蔓廷起来，也就难以收拾了。
幸好是中国古代的城市设计己经有了很高的水平,像南京这样的都城级城市的规化，都会充份的考虑到防火问题，在设计街道时，也都是有意将建筑分割成无数的小片区域，一个区域着火，在一般情况下，不会蔓延到其他的区域。想引发全城性的火灾，除非是在多个地点同时举火，因此到不用担心这方面的问题。
但到了这个时侯，商毅也意识到，秦淮河防线己经守不住了，反正秦淮河也不是南京重点布防的地方，因此现在也是该撤退的时候了。
不过撤退也不是搬起武器，转身就走的，商毅首先下令，首先给各路进攻清军一阵猛烈的进攻，将所有的火炮、管风琴枪全部都打光，同时还向秦淮河南岸发射了三十多个霹雳火箭发射箱，这一阵猛烈的打去，果然又把清军的进攻给打了回去，而且霹雳火箭落到秦淮河南岸爆炸之后，引起了多处的建筑着火，也使清军纷纷后退，同时也户生了大量的硝烟，而在这个时候，商毅才下令后退。
首先是由防守河岸的守军先退，然后才是守卫桥头的士兵，依次而行，丝毫也不乱。同时商毅也下令到御河防线的段鹏，让他也立刻撤退。
不过在聚宝门上观战的阿济格却看得十分清楚，并且很快也己经发现了商家军的意图，因此立刻下令各路清军，赶快追击商家军，再可不能给他们从容布置阵线防守了。力争一鼓作气，将商家军彻底的击败，全面占领南京城。同时阿济格的
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