方，发生了微妙的变化。
自感扫兴的马士英回到凤阳，才得知卢九德己经伙同高杰、黄得功、刘良佐决定拥立福王为帝，开始是大吃一惊，尽管高杰、黄得功、刘良佐三人在名议上都是马士英的部下，但事实上各自手里都有几万兵马，马士英并没有能力完全控制住他们，因此事情显然是无法改变了，同时马士英也意识到，另一个更大的机会，出现在自己的眼前。因此马士英也立即转向，同高杰、黄得功、刘良佐、卢九德等人在凤阳皇陵前立誓拥戴福王。
这时史可法还不知道马士英己经变卦，在他给马士英的信中，陈述3朱由崧的“七罪”——贪、淫、酗酒、不孝、虐下、不读书、干预有司。结果这封信也戌为马士英要挟史可法的手段和证据。
结果马士英以凤阳总督和三镇名义，正式致书南京守备太监韩赞周，宣布将拥立福王朱由崧为帝。为了震慑南京的官员，还说：“听闻江南有人尚持异议，谨率兵五万，驻扎江干，以备非常”，用意十分明显，就是以武力胁迫。
南京的各大臣得知这一消息的时候，也无不惊骇，但乱世之中，手中无兵，也只能听天由命了。虽然有人也提议，调商毅但人马进驻南京，以对抗三镇人马，但却遭到一些人的反对，一是时间上来不及，二是谁知道在这个时候商家军又会做何打算。就连吴甡也不支持这个意见，因此也只能违心的接受拥立朱由崧为帝的事实了。史可法也只能亲自过江，接朱甴崧到南京继位。