败回大营之后，阿巴泰计点清军的损失，这一战清军出动了二万五千多人马参战，出战的人数多达近二万余人，阵亡的人数竟高达六千余众，其中包括满八千的披甲兵一千六百余人，辅兵二千五百佘人。有六个牛录基本全军覆没，如果再加上第一天损失的人马，清军战死的人数以经达到了全军的三成以上，虽然不算是元气大伤，但也是损失惨重了。大清自建国之后历年以来，五次攻明之战，还没有那一次败得这么惨的。
而在当天晚上，阿巴泰就病倒在大营里。原来阿巴泰毕竟也是年过五十的人，在第一次攻城战中淋了一天的雨，寒气就以经侵入体内，今天一战在战场上还吐了血，虽然当时还强自撑着，但回营之后，阿巴泰又羞又气，心里着急加上火，因此就两眼一黑，就昏倒在地不醒人事了。
图尔格和其他的众甲喇、牛录见了也都大吃一惊，赶忙找军医来给阿巴泰看病，其实在这个时代，无论是清军还是明朝，军队里的医疗水平都很低，军医只能看一些简单的刀剑伤，基本都是聊胜于无。被找来的两个军医费了好半天的劲，揉前胸、捶后背、掐人中，好不容易才算是把阿巴泰给弄醒了过来。然后又给开了几付药，这才退了下去。
虽然知道阿巴泰病重，需要休养，但现在可不是平安的时候，大军也不可能就这么扎在济南城下。因此图尔格只好坐在病床前和阿巴泰商议，济南城恐怕是打不下来了，还是尽早撤军北返算了。
阿巴泰虽然人昏昏沉沉的，但脑子却还很明白，虽然现在清军剩余的兵力还有两万三四千人，但最精锐的满八旗披甲兵却拆损大半，而且全军的士气低落，在这个时候，别说继续攻打济南，就是想全身而退，返回关外都不是一件容易的事情。就算明军中不出第二个商毅，只要是再有一二个卢象升这样敢打的人，在中途再拦截清军一下，只怕也够清军受了。因此还不如尽早撤军，赶上博洛的前队人马，合兵之后一起撤退。同时，阿巴泰也因为自己有病，不能理事，将全军的指挥大权交给了图尔格。
两人商量确定之后，图尔格立刻下令，放弃营中的所有辎重，全军只带十天的口粮，连夜就撤军。而随军充当苦役的三千多名明朝的百姓全部杀死，连同留下来的辎重粮草物资一把火烧光。同时又命人去通知驻守东昌府的岳乐，让他将东昌府全城屠尽，放火烧光，然后与自己的人马汇合，一起北返。
到了第二天一早，等商毅接到了消息之后，来到济南城西南的清军营地时，这里己经只剩下一片瓦砾废墟，其中还有三千多俱
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