玄机塔再次开启之时，莫星辰与玄机老祖一同上上阳玄机塔，却无法从底层紫色光源直入下阴玄机塔。玄机老祖叹气道“星辰，你天赋虽高，却终不是玄机伞的天定之人。看来时机未到。你用五雷封印术帮我封住这个通道，再去下因玄机塔取一些喜欢的功法。玄机塔关闭之时，我将以剩余的修为封闭下阴玄机塔。”
莫星辰问道“为什么要封闭下阴玄机塔？”
玄机老祖道“一者，已无玄冥一脉，也再不需下阴；二者封住下阴玄机塔可更好的守护幽变玄机塔。今日你也感受了，就算合你我之力也无法穿行玄机塔光的紫光通道，也就无法找到下阴玄机塔低的幽变玄机伞。唯待其天定传人出现方可。”
玄机老祖关闭下阴玄机塔后化为劫灰，魂飞魄散，只留下一柄玄黄剑，传予大宗主申问知。楚洵与众师弟商议，莫星辰虽修行颇高但终究年遂尚浅，不足以守护黑莲撑起玄冥教。于是决定由陆通和萧然以长老身份入玄冥教，辅助莫星辰。他们曾与梁坤同属于玄冥一脉，融合较为容易。
五弟子乔鑫归玄机派领何洋一只执掌纪律堂，十一、十二弟子亦回归玄机，兼领陆通和萧然一支。
经仙魔大战后，魔族开始休养生息，与龙舟修真互不侵犯。玄冥教徐冰，第二届仙门问道获得魁首，而第三届，第四届仙门问道分别由莫星辰大弟子莫怀远、莫靖天斩获魁首。玄冥教的名声逐渐超过五大门派，但也因此与五大门派渐生渐远，甚至有人认为玄冥教的修行又异于正道大统修行，乃属于取巧和异类，不准本门弟子与玄冥弟子私下往来，更有甚至认为玄冥教就是魔族安插在龙舟修真界的一把尖刀，在时刻威胁着仙门。全然忘却玄冥教乃是玄机老祖的分支，奉命守护灭世黑莲而存。