吴三桂的谋反企图，曾令陈圆圆非常反感，而陈圆圆的藏身问题在吴三桂起兵之前就已经被提出来了。她表示：“我的安全无所谓，但要把‘根根’保住。”这个“根根”指的是吴启华，也就是从小养在吴三桂兄弟吴三凤身边的吴三桂的另一个儿子吴应麒。吴应麒自小称呼吴三凤为父亲，故而其一直不在清朝廷的视野之中。吴应麒九岁被接至王府，应该就养在陈圆圆身边，二人状如母子，关系极为亲密。吴三桂去世后，陈圆圆对小朝廷很是失望，于是与吴应麒和大将马宝商量，要找个安全的地方保护“根根”。陈圆圆由马宝护送，先到龙鳌河搭茅洞，那里地势险要，前面是百米高的悬崖，后面是深山老林。后因山上野兽多，粮食不得收，陈圆圆带着家人先后住过前屋场田、老屋场等几个地方。陈圆圆生前思念吴三桂以致形神交瘁，又时常操劳家人安危，致使患了一种头痛病，痛得严重时会昏死过去，不省人事。病到后来发作越来越频繁。康熙二十八年八月的一天，陈圆圆在念诵佛经中倒地，再也没有醒来。
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快传，朕要封她为贵妃，这陈圆圆既然找到了，他就要好好的疼疼，也不枉来这大明朝一场，崇政皇帝内心思索道。