被架空，只有议事功能，没有实际权利，以后尚书台成为东汉时期的决策机构，国家中央权利全部集中在皇帝的宫廷办公厅内，且三公往往因小事而被辞退，三公地位逐步降低。
最明显的就是司徒，相当于西汉时期的丞相，再也没有西汉时期当皇帝上宾的好运气。
如韩歆为司徒，因好直言，无所隐讳，光武帝不能容忍，把他免官，遣归乡里，并下诏责之。
韩歆惶恐不安，与其子婴皆自杀。其后欧阳歙、戴涉为大司徒，皆以罪下狱死。
其实三公九卿制度，抛开现实意义不说，仅从官制的创新上来看，这是一项创新。
它削弱了司徒的职权，三公各行使一部分国家权利，使官制更加合理。
但从权利的角度上来看，司徒所领太仆、大鸿胪均是虚官。太仆服侍皇帝，没有参与国家政事的权利。
大鸿胪执掌少数民族及外交事务，这对一个自称天朝的国家来说，除了在某些施威仪时可利用外，其他时候无足轻重。
仅仅留下一个管人头的廷尉还有点文字上的地位。不过东汉自汉光武帝以来就战事频繁，所以除三公、九卿、尚书台以外，东汉又有各级将军，也是中央要员。
有大将军，其次骠骑将军、车骑将军、次卫将军，又有前后左右将军。
其中大将军位在三公之上，骠骑将军、车骑将军、卫将军在三公之下。
前、后、左、右将军，位在上卿之下，不常置。东汉中期以后，太后临朝称制，外戚执政，常假借兵权以自重。
于是，大将军便成为中央的主要官员了，并与太傅三公合称为五府。众人一番商议后，桥玄推荐了前南阳太守陈球为廷尉，这得到大多数人的支持。
只能上报朝廷后，便召陈球入朝。与此同时，太仆卿袁逢向桥玄推荐了陈留郡蔡邕。