必不肯再归顺朝廷。
第三，现在朝廷兵力捉襟见肘，因为要防范满清八旗入关报复，已经不可能从山海关、蓟镇、宣大和京师抽调更多的兵力增援中原战场。随着叛军向南退却，御营继续追击，官军的后方必然空虚。只有利用这些原本就是官军的军队守住洛阳等地，御营才可继续进兵，否则就有被洪承畴、李自成和张献忠等十三家、“闯王”高迎祥这三路大军包围歼灭的危险。
第四，朕有好生之德，叛军亦大明之子民，不欲过多杀伤，动摇国家元气。首恶必办，胁从不问，能招抚者尽量招抚，平叛后方可迅速恢复民生，否则赤地千里，即平叛亦是大败。
这四条理由当然也很冠冕堂皇，其实与内阁票拟是各有利弊。但是皇帝一言九鼎，廷臣又远在京师，趁着奏折反复往来的时间，朱由检早把想做的事做了。
首先，他下旨废除河南都司及下属全部卫所建制。这倒是应有之义，因为现在叛军还在打着河南都司及各卫所的旗号与官军对抗，废掉他们的建制，叛军也就不再名正言顺，彻底成为叛军。
第二，让西安知府杨嗣昌上疏朝廷，正式提出“四正六隅，十面张网”的剿灭流贼军事战略。并且不等廷臣做出反应，直接下诏肯定了杨嗣昌的战略构想，并指出现在叛军与流贼合流，理应一体对待。
第三，顺势下旨组建新军。因为要实现杨嗣昌的战略构想，关键就是要由一两名重臣督师，组建一支强大的部队追着流贼打，这就与各司一方防务、互不统属的卫所制度发生了冲突。这时候朱由检打破卫所制度，组建一支全新的军队，就显得比较自然。
为了减少来自官员集团的阻力，朱由检还特意言明，这个举措是“权宜之法”，待叛乱和流贼彻底平定之后，则应恢复旧时的卫所建制。
这招棋是朱由检筹谋已久的一步。如果不是朱常洵叛乱，朱由检还不敢这么早提出来，但是现在的局势给了他提前破局的绝好机会。
果不其然，杨嗣昌的奏折很快在廷臣中引起热烈反响。以东林党为首的官员集团对朱由检这个皇帝一直不以为然，但是杨嗣昌可是官员集团中的后起之秀，家学渊源，文名布满天下，与东林党人关系也相当融洽。东林党自己提不出什么好的军事见解，见了杨嗣昌这篇奏折顿觉如获至宝，认为如果能把杨嗣昌拉过来，通过杨嗣昌的被重用，来进一步巩固东林党的势力，就可以有效制约年轻任性的皇帝。
所以这回内阁、部院诸臣一反常态地对杨嗣昌的奏折大加追捧，并
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