朱由检对《天工开物》手稿大加赞赏，当即吩咐徐光启：由工部出资，将此书已完成部分立刻付印，先印上一万本再说。: 3..出书以后，工部自己留五千册，分发给相关各制造局、工厂和作坊，其余面向社会售卖。每本书按照一两银子的版税付给宋应星，以后每次重印，版税银只能增加，不能降低。
将《天工开物》印刷成书，也是宋应星长久以来最大的梦想，但他根本也没想到还能通过这本书挣钱。现在不但朱由检帮他解决了出书问题，还给他这么高的版税，可以说宋应星是陡然而富！
这接踵而来的幸福，简直让宋应星有点承受不起了，他赶紧眼含热泪请求道：“陛下助微臣将此书付印，微臣已经感激不尽，何敢赚取朝廷的银两？微臣任县学教谕，月俸已足可养家…”
朱由检立即笑着打断他道：“先生甘受清贫令人钦敬，但朕若还让先生继续清贫下去，那就是朕的不是了。完全没必要惶恐，这些都是先生应得的。朕不但要先生做个富翁，再不用为柴米油盐这种琐事牵扯精力；还要天下人都知道，与务农经商相比，知识才是最大的财富！”
宋应星还要逊谢，朱由检却接着说道：“而且以先生之大才，之前只做个未入流的县学教谕，实在是太屈才了。先生暂且委屈几天，待通州难民安置步入正轨，朕返京之后，还要对朝廷机构做一番调整，裁撤一些多余的衙门，新增科学院，级别与五寺相同。朕欲请先生出任首任科学院院长，官品嘛，还要与阁臣商议，但应该不低于正三品，与大理寺卿等品级相同。先生意下如何？”
“陛下，这…这如何使得？”宋应星听罢惊得连连摆手道，“臣乃微末吏员，何敢一步登天，忝居朝廷大员之列？况且臣虽不知陛下所言‘科学院’有何职责，但其主官必得统揽全局之才方可胜任。要臣做些具体研究尚可，如此重任实不堪当！”
徐光启也笑着劝解道：“陛下爱才心切，臣岂不知？但宋应星毕竟现在只是未入流的小官，若骤然提拔至高位，难免会惹来‘幸进’之物议，引发廷臣争论。更恐有小人嫉妒而造谣中伤，反而对他不利。以臣之愚见，不妨先设立科学院，选派德高望重者出任主官，以宋应星辅之。待科学院步入正轨之后，再行扶正，那时阻力就小了。”
朱由检听罢沉吟片刻苦笑道：“还是徐尚书考虑周到。既如此，那就只好再多委屈先生一段时间了。不过先生放心，科学院迟早还是要由你来掌舵的，你不但要把《天工开物》中所载机械、技术在全国发扬光大，
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