检只好先从不起眼处入手，这太医院就是个极好的切入点。它既不属于六部五寺，职能又极为重要，可以说是集现代社会的卫生部、环保部、药监局职能于一身，而这些职能恰恰是现有政府机构缺失的一环。
这样，朱由检命包玉怜协理太医院，就有了一箭双雕的效果：既解决医疗卫生等实际问题，又在现有政府机构之外，另组了一套班子。当这样的机构越来越多、职能覆盖越来越广、掌握的资源也越来越丰富时，再择机进行大规模机构改革，阻力就会小很多了。
因此这次灭鼠运动，就先在包玉怜的主持下从京师开始。当然，成功的经验可以复制，太医院很快在全城各处张贴布告：不论男女老幼，捕鼠百只，可领赏银一两。同时在内、外城各城门外设兑换点，当场清点、当场兑现。
这招经济刺激果然立竿见影，当天就有大批百姓扛着一口袋一口袋的老鼠尸体，赶来兑换点换银子。也难怪他们如此积极，因为这些处于社会底层的百姓，既无产业亦无特长，只能从事一些简单的手工业，或是为达官贵人提供各种服务。所谓“贩夫走卒”，即是他们赖以为生的职业的生动写照。
而他们的收入也非常微薄，每天从早忙到黑，也仅能勉强糊口而已。现在京师的米价是四两一石，这一石粮食，也就是一百二十斤，勉强够一家老小吃两个月的。也就是说，如果一户人家每个月能收入二两银子，日子就能凑合着过；如果连二两银子都没有，那就免不了时常挨饿了。
而太医院这项“以鼠换银”的措施，在广大穷苦百姓看来，无疑是天上掉馅饼！谁能想到人人讨厌的老鼠，居然还能换成白花花的银子！
于是不用任何人动员，老百姓自发地就兴起了一场声势浩大的灭鼠运动，捕鼠方法自是八仙过海，各显其能。在太医院贴出告示的第一天，就有一千多两银子被领走。与之对应的，则是十万多只老鼠尸体被收缴，并在城门外挖好的大坑里付之一炬。有些百姓一时抓不到那么多老鼠，就把几家捕获的老鼠凑到一起，领赏之后再回去换成铜板细分。一时之间，京师百姓见面打招呼，都不再问“吃了么”，而变成了“今儿个抓了多少耗子？”
全城百姓都因为捕鼠换银而喜气洋洋，可是偏有些官员，连这个也看不顺眼。礼部尚书来宗道就上疏劝皇帝停止灭鼠，理由一是老鼠亦为生灵，大量捕杀有违天和；二是老鼠数量实在太多，百鼠换一两银子，万一内帑银不敷使用怎么办？
朱由检看了嗤之以鼻，连回复也懒得回复，直接将
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