重。首先要让学员们系统地学习古今中外的军事著作，尤其是《孙子兵法》、《武备志》与《纪效新书》，并且讲解古今中外著名的战例。
其次要让他们每个人都熟悉秦兵的所有兵种，就算他现在不是那个营的，也要有足够的了解。这一是为了让军官们成为多面手，以便在军官空缺时可以有人随时顶上；二是为了增强各兵种之间的协同作战能力。
再者就是向他们详细讲解女真人和倭寇的作战特点，这一点戚美凤比谁都有发言权。学习内容还包括军事地理，也就是辽东、登莱等地的地形，因为秦兵迟早都要走上这个战场。
而军事学院的重点课程就是兵棋推演，也就是大家集体探讨在某一战场、某种情况下，如何与后金作战。
第一次兵棋推演，朱由检亲自参加，推演的内容就是假设后金现在又一次大举进犯。众军官讨论的气氛十分热烈，不过多是拘泥于宁远、锦州一带的攻防战。朱由检便趁机说出了自己最大的担心：“如果本王是贼酋皇太极，仅以少量兵力做为疑兵佯攻宁锦，主力部队却绕道蒙古草原，翻越燕山直扑京师，诸位如何应对？”