当秦兵重新控制住外城的城墙，尤其是关上城门之后，城内的流贼立刻崩溃了。
其实从数量上来说，他们并不比秦兵少多少。如果能集结在一起，合力往外冲的话，还是有机会杀出城外的。但此时城中已经完全杀乱了套，郝摇旗又不知去向。俗话说人无头不走，鸟无头不飞，失去了指挥的流贼已经完全丧失了判断形势的能力。
一见秦兵占领外城墙，刚才还能奋力拼杀的流贼们，此刻却斗志全消，觉得再无逃脱的希望，纷纷抛掉兵器请降。
而秦兵此时已经杀红了眼，尤其是骑兵，因为刚才的一战付出了重大伤亡，从将领到普通士兵都急欲为战友报仇。因此他们根本不管流贼已经缴械投降，仍是不停地抡刀砍杀。
朱由检在内城上看得真切，忙亲自出马，制止了这种疯狂的行为。他并不是可怜流贼的性命，但目前的当务之急是要控制住城内的形势，而不是杀戮。
在他的严厉喝斥下，李来亨、解勇等将领才清醒过来，一边重新组织队伍，将城门严密地守住，一边收缴降兵的武器，并把他们赶到监狱之中。
说到监狱，这也是秦王庄的一座重要建筑。因为从民团到秦兵历次作战，总会抓到一些俘虏。对这些俘虏当然不能一杀了之，因为其中很多人也都是刚刚从贼，并且是被迫的，虽然也多多少少有些恶行，但还罪不至死。而且朱由检毕竟只是一个藩王，从理论上来说是没有权力杀人的。即使是县令孙传庭，也只能审案，判决还要到更高一级的衙门。
但若就这么放了，显然也是不行的。一来这些人毕竟当了土匪或是流贼，就算什么也没干，依《大明律》也是死罪。况且其中确有不少人曾经为恶，甚至还杀过人，若不审清就放，岂不让戕害百姓的凶手逍遥法外。
二来就算这些人全是无辜的，但他们之所以做贼，主要还是因为贫穷。放了他们当然简单，但他们出去以后还是没有活路，早晚还得造反。
对这个迫切而棘手的问题，朱由检也曾想过推出去，即将这些人全部交给西安府处置。但转念一想，其中还有不少妇孺，若交给官府，肯定全得掉脑袋，那可太残忍了。所以他最终还是决定兴建监狱，自己来处理这些俘虏。
在秦王庄大兴土木之时，朱由检就特意在内外城中都划出一大片地，专门用来兴建监狱。当然“监狱”这个名字太过显眼，朱由检取了个稍微好听点的名字：勤恩所。顾名思义，就是用辛勤的劳动，来报答秦兵的不杀之恩，减轻自己的罪过！
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