一次次挫败了明朝军队，并多次入关劫掠。
但是，八旗的这些优势相比蒙古而言，不但不再是优势，甚至还要居于劣势。因为，渔猎起家的女真人，在骑射方面，先天就差于在马背上长大的游牧民族，相比能在马背上骑射的蒙古骑兵，八旗更像一支骑在马背上的步兵。
而人口只有几十万，早已全民皆兵的八旗，也不具备同时面对明朝和蒙古的实力。因此，努尔哈赤一直对于近代迟尺的蒙古部落极为重视，并想尽办法消除蒙古的巨大威胁。后金不断的同蒙古部族联姻，在将女儿不断嫁给蒙古贵族的同时，他们也迎娶了大量蒙古妃子。清初着名的孝庄太后，就是在这种情况下嫁给的皇太极。
当然，信奉拳头大才是真理的蒙古部落，也不可能都甘心听命于后金，所以对于这些蒙古部落，后金则采取了武力征讨的方式。例如，对于掌握察哈尔部的黄金家族嫡系后裔、蒙古最后一名大汗林丹汗，皇太极就曾多次纠集投靠后金的蒙股诸部共同进攻，并将林丹汗打得节节败退。最终，林丹汗病逝西逃的路上，林丹汗的儿子在投降后金后，将元朝的传国玉玺献给了皇太极。也从这时开始，蒙股黄金家族嫡系停止了传承。
在击败林丹汗之后，后金政权基本上掌握了人口最多、也最为富庶的漠南蒙股。也正是有了漠南蒙股部落的支持，没有了后顾之忧，同时又获得了大量蒙古骑兵的补充之后，八旗最终有了入关占领天下的实力。
当然，此时的蒙股诸部不仅仅只有漠南蒙古一支，同时位于漠北的喀尔喀蒙股，占据西域的卫拉特蒙股四部，都不在清朝的统治之下。虽然皇太极之时，喀尔喀蒙股三部曾对皇太极献了九白之贡，但喀尔喀蒙股并没有完全臣服清朝，此时尚未入关的清朝，也不具备统治喀尔喀蒙股的实力。
然后公元一六四四年，在汉奸吴三桂的带领之下，八旗入关，击败了已乱成一锅粥的关内诸方势力，奇迹般的统一了天下。历经数十年歼灭各方反抗势力之后，尤其在剿灭三藩之乱后，终于一统中原的康熙皇帝突然发现，位于西域的卫拉特蒙股准噶尔部在葛尔丹的率领下开始崛起，并基本统一了维拉特蒙古四部，建立了准噶尔汗国。
同时，野心勃勃的葛尔丹将目标指向了喀尔喀蒙古等其他蒙古部族，意图像成吉思汗一样，一统整个蒙古。这显然与以中华自居、要建立大一统王朝的清朝，产生了不可调和的矛盾。而且，如果放任葛尔丹统一整个蒙股，这个统一后的蒙股也将成为清朝西方和北方最大的威胁。
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