旗舰级战舰，完全是一支舰队的核心。拥有旗舰级战舰的舰队和未拥有的舰队战斗力完全不是一个档次的，这并非是因为旗舰级战舰那强大的攻防能力，虽然旗舰级战舰可以一炮摧毁数十上百艘战舰，但它最为重要的，却是核心控制网络。
强大的舰载中央光脑，可以轻易的将舰队中不论样式型号所有战舰的数据集中起来，进行分析，在一众参谋的辅助下计算出最佳阵型和攻击模式，统一协调，将舰队的最大战斗力发挥出来。一艘普通的大型战舰一般只能计算出附近一百艘战舰的数据，就算是经过修改改装，也不会超过两百艘，像云翼在科隆商盟的保全舰队，就动用了三条改装的大型战舰进行联合计算，最终汇总后重新分配下去。
这样一来，无疑会造成数据的延迟。然而战场上瞬息万变，稍有些许延迟，或许就会是致命的。虽然优秀的指挥官可以弥补这方面的不足，但人力终究是有限的。就算是最天才的指挥官，也无法在没有旗舰级战舰的情况下，让5000艘以上的战舰发挥出各自的实力。
一艘旗舰级战舰可以轻易的计算出周围两万艘以下数量的战舰部署和分配，所以有句话说，无旗舰不成舰队。也就是说，一支舰队如果没有旗舰级战舰的话，只能算是一堆散兵而已。
此外，利奇马联邦和伊瑟拉斯的舰队为何最高数量仅为一万艘，而楚唐却可以配置一万五千艘，也是这个原因。联邦和伊军因为在造舰技术上比不上楚唐，所制造的旗舰大多数都是万艘级的，很少有部分优秀的可以超过一万。而楚唐制造的旗舰最低档次都在一万五以上，主力舰队的旗舰可以轻易的指挥两万艘战舰，据说楚唐帝国皇帝陛下的专用旗舰，甚至可以指挥四万以上的数量。
各国对旗舰级战舰的制造技术封锁的极为严密，就拿楚唐来说，是绝对不允许这方面的技术泄露的。其他国家想要的话，只能去楚唐订购。比如那艘茉莉号，虽然科隆商盟也有造船厂，但海布里家族还是去威龙订购了一艘，所以茉莉号比不上楚唐的旗舰级，却要比科隆商盟的好，极限指挥能力是一万五，普通情况下可以轻易的指挥一万三千艘。
现在的反抗军之中，拥有战舰数量最多的黑鹰海盗团虽然拥有近万艘战舰，却没有一艘旗舰级战舰。每次战斗都只能分成数十支两百艘战舰为一队的小分队发动攻击，根本无法发挥舰队的全部战斗力，这就是没有旗舰级战舰的坏处。如果拥有一艘旗舰级战舰，哪怕是最次的，只要能拥有一万艘的指挥能力，黑鹰海盗团的战斗力最少也能上
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