复仇，惟当按约理论，不遽声罪致讨，以免衅开自我。”
这种“番地”、“腹地”的区分，难免又被日本曲解成“番地无主”。故而，总理衙门再次发布上谕，严厉强调：“番地虽居荒服，究隶中国版图，其戕害日本难民，当听中国持平办理，日本何得遽尔兴兵，侵轶入境。若谓该国仅与生番寻仇，未扰腹地，遂听其蛮触相争，必为外国所轻视，更生觊觎。衅端固不可开，体制更不可失。该督惟当按约理论，阻令回兵，以敦和好，不得以番地异于腹地，听其肆意妄为也。 ”“天下观”里的“番地”、“腹地”概念必须服从于“世界观”下的领土主权，这是清廷对台湾是中国领土的最清晰表述。
两边声明走了一波，西乡从道还是带着他的探险队出发了，不可衅自我开的清军还是选择了克制，居然让西乡从道在琅峤登了陆。已经完成了军事改革的日军，打一群只是勇武的生番，自然是皇军武运长久，牡丹社酋长阿实禄父子等一开战便战死沙场，让日本人报了琉球难民之仇。然后日军便开始了臭不要脸模式，以龟山为中心建立都督府，准备赖在台湾不走了。
清政府得知日军侵犯台湾消息后，立即向日本政府提出质问，并派福建船政大臣沉葆桢率军直赴台湾。沈葆桢等到达台湾后，一面与日军交涉，一面积极备战，不过迟迟没有开火。日军由于不服台湾水土，士兵病死较多，日本政府也知道不能立即军事占领台湾，不得不转而寻求外交手段解决问题。
六月初夏生番出草，十月初九两边就又在北京谈上了。日本派大久保利通为全权大臣，到北京与总理衙门谈判。大久保利通此行带了不少国际法专家，准备用国际法与中国辩论台湾“番地”的主权问题。谈判长达四十多天，中日共举行了五次会谈，均是讨论“番地”主权问题。大久保利通频繁援引《万国公法》，总理衙门诸大臣尽管在“番地”主权问题上寸步不让，但对《万国公法》，却自始至终采取回避态度。恭亲王给大久保利通的照会中说：“本王大臣未能详悉泰西公法全书精义，不敢据以问难。”文祥也在问答中说道：“至大久保所说《万国公法》，并无中国在内，不能以此责备中国。”
清廷以软（谈判）硬（备战）两手迫使日军撤离台湾，保全了台湾领土主权，但仍是事件中的大输家——日本内务卿大久保利通曾欢呼此事的了结：“呜呼！此诚为古今所罕有，终生所无的大业！” 因为清廷与日本签订了结此事的《北京专条》里有这样两条不是人话的记载：其一、“兹以台湾生番曾将日本国属
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