完成时，大洪水也开始了，这时诺亚与他的家人，以及动物们皆已进入了方舟。《创世纪》如此形容洪水刚开始的景况：“当诺亚六百岁，二月十七日那一天，大渊的泉源都裂开了，天上的窗户也敞开了。四十昼夜降大雨在地上”。洪水淹没了最高的山，在陆地上的生物全部死亡，只有诺亚一家人与方舟中的生命得以存活。
在220天之后，方舟在阿勒山附近停下，且洪水也开始消退。又经过了40天之后，阿勒山的山顶才露出。这时诺亚放出了一只乌鸦，但它并没有找到可以栖息的陆地。7天之后诺亚又再次放出鸽子，这次它立刻就带回了橄榄树的枝条，诺亚这时知道洪水已经散去。又等了7天之后，诺亚最后一次放出鸽子，这次它便不再回方舟了。诺亚一家人与各种动物便走出方舟。
离开方舟之后，诺亚将一只祭品献给神。耶和华闻见献祭的香气决定不再用洪水毁灭世界，并在天空制造了一道彩虹，作为保证。在《创世纪》中，神如此保证：“我使云彩盖地的时候，必有虹现在云彩中，我便纪念我与你们和各样有血肉的活物所立的约，水就再不泛滥、毁坏一切有血肉的物了”【1】）
【1】——节选自百度百科《诺亚方舟》