造成了顺军战力大减，加上一些战略失误，导致他们最终的大溃败。
虽说草原上人口不如崇祯明北方大城市那么密集，但草原上也一样会发瘟疫，传染起来也一样厉害。
清军在崇祯末年几次入关劫掠时，也曾有不少清军感染天花、鼠疫而亡，甚至有宗室大将染疫死亡的。
利用瘟疫败敌，其实在战争史上并不新鲜。
当年蒙古西征，卡法城凭坚城拼死抵抗，蒙古军久攻不下，这座小城硬是坚守了一年多都没攻下，蒙古人恼怒之下，用投石机向城中投射尸体，这些尸体都是染鼠役而死的士兵尸体。
卡法城最终被鼠疫而破，并且鼠疫还随着城破逃跑的居民扩散到了意大利，随后蔓延至英法和西班牙，最终笼罩了整个欧洲，这场短短六年带走欧洲两千多万人的瘟疫，被称做黑死病，夺走了整个欧洲三分之一人口。
明末的天花、鼠疫等瘟疫，加上因此带来的饥荒，同样夺去了上千万人口。
锦衣卫在呼伦贝尔草原推行瘟疫计划，非常机密，知晓的人并不多，这个行动上报朱以海，他也曾犹豫过。
使用这种战术太过残酷，可最终他还是同意秘密实行，战争本就没有仁慈可言，早点结束战争，就是最大的仁慈。
锦衣卫在呼伦贝尔秘密展开计划，传播扩散瘟疫，这种有针对性的故意散播，使的建虏各部都迅速爆发瘟疫，传播极快。
面对瘟疫，此时退到呼伦贝尔草原的建虏，本就有些穷困缺医少药，一时难以应对来势汹汹的疫情，结果错失了最佳的防范补救机会，瘟疫彻底爆发，肆虐呼伦贝尔，鞑子新建的上都满洲里，更是沦为地狱。
人死如灯灭，跟吹蜡烛一样的死去。
一场大瘟疫，肆虐了快一年，鞑虏死掉了三分之一，他们退往关外时掳去了不少人马，还有百万人口，但随着局势不利，许多脱离的、逃跑的，加上这场大疫，最后只剩下了不到十万帐。
更有消息说顺治福临也染上天花而死，连他的长子也染天花而死。
虽然锦衣卫还没完全证实这个消息，但现在建虏确实已经崩了。
众叛亲离，加上疫情和去冬的雪灾，鞑子都在草原上开始吃人了。疯狂的鞑子一次次的南下，试图寇边抢掠，可此时的建虏已经再不复当年之勇，一群被疫情、饥荒折磨的不成样的强盗，虽有强盗之心，却已经没强盗之能。
连科尔沁都有好几部公然叛鞑子而去，他们树起边墙，派部落骑兵巡逻
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