权在蒙古各都府护、都督府，由王公们统领，但卫所兵不得越界，如要出界需要得到朝廷的兵符调令。
王公们握统兵权，朝廷掌调兵权。
这个卫所制，大抵就是让蒙古部落，每户出一丁，五丁轮一现役当值，其余四丁预备。朝廷会派些教官或是长史之类的去卫所任职，不直接掌握统兵权，但可以随时监视这些蒙古兵。
不过就算在役的也只是在编，不打仗的时候，仍然还是在家放牧，只有打仗了，才会受召集结。
东土默特原两旗男丁只有四千多，他们组建两个都督府后，设立两个卫，下辖十所，但男丁不足，差了六千。
所以就要从人口多的鄂尔多斯等其它部迁一些人口进来，比如喀喇沁。
还有如巴林和扎鲁特两个曾经内喀尔喀五部之一，现在也是很残，都远不够一万户，所以就从鄂尔多斯等部拆人过来，苏尼特这几年兼并了许多人口，现在就要把多余的全都迁去不足的部落。
这样一番整合后，从大部迁去小部的牧民，从此就换上新部落名，跟原来部落没有任何关系了。
之前鞑子把漠南蒙古编为四十九旗，另外还有内属蒙古八旗归化土默特，以及外藩察哈尔部等，把原本二十五部分成四十九旗，也是经过了一番人口的调整补充的。
但各旗人口仍然相差不小，并不一样。
而现在朱以海直接给他们来了个均人口，把原来二十五部四十九旗，加上内属、外藩旗，全整合为十八部三十六都督府了，每部整合为一个万户，一些大的部落因此被迁走了很多人口，实力削弱。
而原来一些小的部落，虽然现在人口大增，也有一万户了，但他们分成了左右两翼两个都督府不说，而且大量外来部落人口迁入，也使的他们部落不再单纯，变的更复杂。
其凝聚力反而可能下降了。
三大都护府，各统六万户，但现在又分成了十二个都督府。
初步形成了一个全新的平衡。
左中右三路势力相当。
而且漠南、漠北蒙古各三个都护府，实力也相差不是太大，虽然漠南人口更多，但有瀚海沙漠，做为天然隔绝。
在青海卫藏的和硕特汗国，大约有二十万，留在天山的卫拉特四部，也是几十万。
所以漠西和漠北也大抵是势力相当。
“削腾机思苏尼特汗号，降为珲台吉，改封为恭顺郡王，入京恩养随侍。苏尼特部左右两翼各设都督府，以叟塞
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