组织结构，要想立足吴地，我们必须把现在的兵马整合起来，要变的有凝聚力，更得上下通畅。”
朱以海的计划是要在军中成立营务处、监察处、粮台处以及采编处，这四个机构中，营务处相当于是司令部，负责发号施令法。监察处则是监军执法，相当于宪兵。粮台处，则是装备后勤，采编处则是负责情报。
要不然现在十一个营头了，一万多人马，指挥起来就不太顺畅，军队多了，地盘多了，还得指挥地方乡勇民团，就更得细化组织。
朱以海还希望加强军中思想、军事等方面的培训，比如在营务处下，要办一个军官、士官培训班，把军中年轻而又忠诚的一些骨干分批培养，朱以海和张名振等将领还可以亲自教导，甚至培养感情，拉近关系。
另一方面，也从军中或是地方把一些较有才能的人招到营务处帮助任事，加强锻炼，将来可以下放各营中独挡一面。
再者，营务处本职工作就是发号施令，相当于是军中司令部，负责制订作战计划，研究战略部署，所以也肯定会招来一批专业的人充当参谋等。
健全中枢决策大脑，下面的各营兵马才能发挥更高的战斗力。
粮台处则是朱以海之前在宁绍就已经设立了的，目的还是打仗和后勤分开，将领只管练兵打仗，粮草军饷由专人负责供应，既各司其职，也同时对带兵的将领形成一定的制约能力。
有兵没饷，则只能听从依靠朝廷。
还能保证实兵实饷。
监察处也是刚刚设立的，负责监察军纪，执行军法，督战等，各个专职的副职也还要负责将士们的思想动态，加强忠君爱国的思想教育，甚至要负责鼓动宣传，舆论掌控等。
对于一个政权，尤其是处于如今这种崩溃状态下的政权，要想重获新生，思想和舆论也是一个重要的战场，若任由别人掌握舆论控制权，将是非常可怕的。
采编处则是军事情报部门，下面会有专门的情报参谋，以及侦卒、探差等，各营不仅要设有夜不收、塘骑，也还要培训招募更多的探子，甚至发展暗桩密探等，要在各营，地方乡勇民团，甚至是府县乡村，安插探子，建立一个严密的军事情报网络。
四处各司其职，俱听命于江南提督朱武。
营务处下设随营讲武堂、士官培训班以及参谋部等，这个部门其实就是掌握军政军令，朱以海特委任大学士沈宸荃为营务处协理。
而后勤这块负责粮饷，由通政使虞大复兼任粮台协理
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