在确保新教徒同盟军被彻底打散之后，蒂力元帅率军包围布拉格。战败的消息传入城内，失去了希望的市民们不得不开城投降。
依照皇帝的旨意，蒂力随即以武力展开了大清洗，弗雷德里克五世携妻子仓皇逃跑，连王冠都忘了拿，混在难民队伍里逃出了布拉格。
由于取得了对内战争的胜利，费迪南得以腾出精力处理国际问题。他的大臣们则坚定了要加强集权的信念，要求皇帝取消波西米亚的选举自由以防止再出现叛乱。
来不及撤走的57名波希米亚新教徒贵族被投入监狱，其中的27人被下令在市中心的广场上公开处斩，剩余的人被流放。为了彻底肃清波希米亚的新教上层势力，几乎所有的新教徒贵族财产被没收 。