腓力四世的突然袭击获得了圆满成功，法国几乎所有的圣殿骑士团成员都被逮捕，仅在巴黎就有138名骑士团成员被捕，圣殿骑士团的高层包括大团长雅克·德·莫莱(Jacques de Molay)无一幸免。
腓力四世给圣殿骑士团编排的罪名是“异端”，这真是很有意思，圣殿骑士团确实也不是什么善男信女，你可以说他们贪婪，说他们残暴，但要说异端就未免有点离奇了，从骑士团成立开始，它一直就是教皇座下最忠诚的力量，教皇前后共赐予他们上百条特权。
不过腓力四世需要的不是符合逻辑的观点，他只需要将骑士团打入万劫不复之境。
1307年10月20日，雅克·德·莫莱在狱中不堪酷刑而认罪，罪行是“否定耶稣基督，践踏十字架”。
他随后被迫写信给每一位骑士团成员，让他们承认这些罪行，随后腓力四世以及教皇克雷芒五世下令在整个基督教世界搜捕骑士团。他们大多死于审讯，其余被处以火刑。
当时位于法国阿维 尼翁的教宗克雷芒五世在圣殿骑士审判中扮演的角色并不单单作为一个协助迫害者，其多次要求将审判权交付教会，但未得到腓力四世同意。
法国的宗教裁判所开始对骑士团成员进行审讯。在宗教裁判所的“有效工作”下，圣殿骑士们开始招供，其中包括大团长雅克·;德·;莫莱。
裁判所还让他给所有的骑士团成员发布一道命令，解决他们保密的义务。
在莫莱的这道命令之后，骑士团成员向裁判所给出了千奇百怪的供词，有的承认他们入会时要向十字架吐口水，有的说他们搞巫术，有的说他们崇拜异教的偶像，至于这个异教偶像是什么样子，各人又有各人的说法，另外还有骑士团成员之间搞同性恋--这个也许是唯一可信的罪名。
据记载，仅巴黎一地就有36名骑士团成员在审讯过程中死亡，我们可以想象这些供词究竟是在什么样的情况下获得的。
腓力四世的行动得到了教宗克雷芒五世的支持--事实上他们俩就是同谋，教宗在1307年稍晚些时候发布圣谕，谴责圣殿骑士团的罪恶，要求各国采取行动，彻底取缔圣殿骑士团。
在腓力四世和教宗的威胁下，各国虽然有不满，但也只好服从，不过在其它国家只有很少的圣殿骑士被处死。
按照宗教裁判所的惯例，承认异端的至少可以留下一条命，不过很多圣殿骑士团成员后来相继翻供，在教廷派来的主教面前否认
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