-11赛季的德甲联赛中保级成功。而在2011-2012赛季，曼祖基奇又在德甲打入十二球。
2012年6月27日，德甲的拜仁慕尼黑足球俱乐部通过官方网站正式宣布已与沃尔夫斯堡的前锋曼祖基奇的转会达成协议，双方签署一份至2016年6月30日的合同，加盟拜仁的转会费大致在一千三百万欧元，年薪约为三百五十万欧元。
2012-13赛季，曼祖基奇加盟拜仁的首个赛季，便为拜仁出场二十四次，还贡献了十五粒进球。2013年5月26日，2012-13赛季欧冠联赛决赛，曼祖基奇在下半场先拔头筹，最终帮助球队二比一击败多特蒙德，自2001年之后再捧杯，这也是曼祖基奇的首个欧洲冠军联赛冠军。加盟拜仁首个赛季，曼祖基奇帮助拜仁夺得三冠王，其中包括2012-13赛季德国足球甲级联赛冠军、德国足协杯冠军和欧洲冠军联赛冠军。