西甲联赛的冠军，同年夺得西班牙超级杯冠军后，穆里尼奥创纪录的完成了葡萄牙、英国、意大利、西班牙四国本土赛事的“大满贯”霸业即顶级联赛、本土杯赛及国内超级杯冠军。
2012/13赛季穆里尼奥因更衣室和竞技状态等原因与队长卡西利亚斯不和，把后者贬到替补席上，再加上队内的西班牙和葡萄牙球员分化，令球队出现内部分裂。皇马在联赛争夺和国王杯决赛中分别败给巴塞罗那和马德里竞技，夺得亚军，欧冠赛场则在半决赛败给多特蒙德，赛季四大皆空，2013年5月21日皇家马德里官方宣布结束与穆里尼奥的合约，赛季结束后离任。
2013年6月3日切尔西足球俱乐部官方宣布穆里尼奥重回切尔西担任球队的主教练，双方签约四年。2013/14赛季穆里尼奥带领切尔西最终获得英超联赛第三名，在足总杯赛场八分之一决赛切尔西零比二不敌曼城遭淘汰，欧冠赛场四分之一决赛首回合切尔西客场一比三负于巴黎圣日耳曼，第二回穆里尼奥带领切尔西二比零战胜对手，逆转晋级四强，可惜半决赛中切尔西两回合一比三不敌马竞，最终无缘决赛。
穆里尼奥开启了防守反击的新派流，其在参透防守反击的同时，为他的执教思想加入了太多科学化和社会化的内容，其中的精髓变得越发圣殿化，其在执教国米时对整个青训营系统的改造，让他的足球理论不再是一个体育竞技范畴，而是上升到了一个科学高度。
穆里尼奥是固执的反控球主义者，坚信控球是把双刃剑，从波尔图到切尔西，再到国米、皇马，再重返切尔西，穆里尼奥的执教生涯与高控球率、地面传递、技术足球沾不上边，穆里尼奥的球队都有鲜明的特点：强硬、快速、高效、朴实、反击、直接。穆里尼奥为追求胜利，极具冒险精神，落后时常采用赌博性质的四前锋甚至五前锋战术。
穆里尼奥信奉意志与精神足球，注重细节、执行力强、偏执张狂，善于激发球员最大潜能和即战力，所执教球队战术严谨，在处理球员关系方面，穆里尼奥几乎从不让媒体抓到把柄，保护着自己的球员，穆里尼奥善于心理战，经常挑衅激怒对手、裁判。
天赋才华、极度自信、坚定顽强、严谨细致、冷酷专制，穆里尼奥的成功，就在于他成功地演绎了一个葡萄牙航海时代的好船长，他感召球员们同舟共济，用战术素养、严明纪律、敬业精神、奖惩分明打造了自己的王者之师。
而穆里尼奥也极具个人魅力和感召力。斯内德多次表示：“为了他，我愿意去
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