但是在2010年12月18日布莱克本流浪者主场一比一战平西汉姆的比赛中，菲尔·琼斯下半场五十七分钟替补克里斯托弗·桑巴出场，但仅十分钟便因与卡尔顿·科尔发生碰撞受伤离场，赛后证实膝盖严重受伤，2011年2月15日菲尔·琼斯又与布莱克本延长一年合约，而原本被预计会缺席整个赛季的他也在2011年3月11日对阵布莱克浦的比赛中复出。
菲尔·琼斯是在2010年11月27日曼联对阵布莱克本的比赛中首次吸引了曼联主教练弗格森的关注，随后在2011年1月曼联方面曾经对布莱克本提出购买琼斯的建议，但被布莱克本所拒绝。在2011年6月曼联再次对菲尔·琼斯报价并且直接动用了琼斯合同中的一千六百万解约金的条款，琼斯在6月前往丹麦参加U-21世青赛的前一天在未和曼联签约的情况下接受了曼联安排的体检，这令布莱克本方面非常愤怒。
布莱克本表示己方不必遵守解约金条款，此时利物浦队也像布莱克本提出了两千两百万磅的报价，形势瞬间复杂化。在6月9日弗格森迅速结束休假亲自赶到兰开夏郡的琼斯家里，和琼斯的父母进行了面谈。之后琼斯告知布莱克本高层，自己对利物浦不感兴趣，一心只想加入曼联，而此时曼联也将报价提高了五十万，并且还为布莱克本提供了四百万的额外浮动条款，最终布莱克本在6月13日接受了曼联的报价，琼斯顺利加盟曼联。
曼联官网称“曼联很高兴宣布已经于布莱克本就菲尔·琼斯的转会达成一致，球员上周已经在曼彻斯特通过体检，并同意了一份为期五年的合同，交易已经在球员返回参加国际赛事时已经完成。“
琼斯在2011年6月参加完U-21欧青赛后，前往美国和曼联队会合参加北美巡回赛，在对阵芝加哥火焰的比赛中首次代表曼联出场。2011年社区盾杯决赛是琼斯第一次代表曼联出战正式比赛，他在下半场替补里奥·费迪南德出场，而曼联最终三比二战胜了曼城，菲尔·琼斯也因此收获了自己职业生涯的第一个冠军，社区盾杯。
在2011-12赛季初期因为曼联的两大核心中卫费迪南德和维迪奇都受到了一些伤病困扰，菲尔·琼斯得以成为了曼联的主力后卫。在出场的几场英超中表现非常出色，不仅防守凶狠果断，而且进攻上也非常积极，经常高速杀入对方禁区制造混乱，已经贡献了一次助攻和两次间接助攻。他和曼联队内另一位年轻的英格兰本土中卫斯莫林都有出色发挥，被誉为未来英格兰国家队的主力中卫组合
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