但是萨内蒂在国米的初期过得不如意，虽然他此时已经是球队的绝对主力，但是国米的战绩总是离球迷的期待很远。
在贝尔戈米退役后，萨内蒂接过国际米兰的队长袖标。从1988-89赛季到2000-01赛季，此后的十多年时间里，罗纳尔多、维埃里、博格坎普、罗伯托·巴乔、皮尔洛、西蒙尼等一批球星到来或者离去，都没有为国米带来意甲冠军，国米被球迷，尤其是ac米兰的球迷戏称为球星黑洞，可是萨内蒂的光芒一直闪耀着，从来不熄灭。
2006年5月在德国世界杯开赛前，意大利足球甲级联赛爆出当地球坛近二十六年来巨大的足球丑闻，意甲冠军尤文图斯涉嫌安排裁判，操纵比赛结果。其后还有四家俱乐部也被指涉嫌造假，包括ac米兰、佛罗伦萨、拉齐奥和雷吉纳，这就是震惊世界足坛的电话门事件。
电话门事件后，国米自动获得了2005-06赛季的意甲联赛冠军，同时尤文图斯降入乙级，ac米兰被罚分，他们的主力球员大量出走，国米成了最大的赢家。
国米在罗伯托·曼奇尼的指教下在意甲所向披靡，连续三个赛季称雄，而萨内蒂位置无人能撼动。
2008年6月穆里尼奥经过近一年的休息后，正式取代曼奇尼成为国际米兰新主帅。2009年5月17日在穆里尼奥领导之下，国际米兰提前三轮比赛获得2008-09赛季的意甲联赛冠军，而在2010年5月22日的决赛中，国际米兰以二比零击败同样有意争取三冠美誉的德国双料冠军拜仁慕尼黑，夺得欧洲冠军联赛冠军，在阔别欧洲冠军四十五年后第三次举起奖杯，成为意大利足球有史以来的首支三冠王球队。
这个赛季对于萨内蒂和国际米兰来说，是史无前例的成功，国米获得了意甲联赛、意大利杯、冠军联赛、世俱杯、意大利超级杯等五项冠军，被球迷亲切地称为五冠王。
2011年5月11日萨内蒂所参加的意大利杯半决赛是他职业生涯第一千场比赛，国米官方在这场比赛前为萨内蒂进行千场纪念仪式，萨内蒂从国米经理布兰卡手中接过纪念奖盘，他也成为足坛有史以来第十个参加了一千场足球正式比赛的球员。
2010-11赛季穆里尼奥选择远走皇马，国际米兰经历了贝尼特斯到莱昂纳多·纳西蒙多·德·阿拉约两个教练，迭戈·米利托、韦斯利·斯内德等核心球员状态下降，国际米兰失去了联赛冠军，在米兰德比也被双杀，但萨内蒂始终在国际米兰效力，随着球队一起经历这些
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