武德四年，李孝恭平灭萧铣，被拜为荆州大总管，岭南四十九州皆望风而降。
武德五年，辅公祏反唐、杀王雄诞、率部占湖州。李孝恭率兵前往九江，李靖、李勣、黄君汉、张镇州、卢祖尚全都受他指挥。
武德七年，辅公祏穷蹙，放弃丹阳逃走，孝恭派出骑兵穷追，俘获辅公祏于武康，遂江南平定，官拜扬州大都督，江淮及岭南诸州都归他所统摄。
隋灭乱起，李氏家族除李世民带兵纵横天下外，宗室中只有李孝恭一人能独当一面，立有大功。他两次击破大寇，北起淮河，东包长江，越岭而南，尽归他统管。如今的大唐名将，李靖、李绩等人，都在他帐下效力过。一人攻下半壁江山，绝非虚言。
正所谓，功高盖主，必生祸端。李孝恭也难逃此劫，大唐初定之后，李渊命李孝恭镇守江南，他为了彰显自己的功劳，也是为了防备江南各反王余孽报复，修筑了一座石头城作为宅邸，还命将士巡逻，以保护自己的安全。但他这个举动，被有心之人诬告为意图谋反。李渊便把他召回长安进行调查，调查的结果，自然是无中生有。李渊杀了诬告之人，却也没再放他离开。李孝恭自己也心知肚明，从此便以歌舞美人自娱，再不问朝中事务。