第一军团负责新疆和玉兹的防务；
第二军团负责湖广、江浙的防务；
第三军团负责蒙古的防务；
第四军团负责京城、陕西、山西、山东、河南的防务；
第五军团负责福建的防务；
第六军团负责四川、青海、甘肃的防务；
第七军团负责东北三省的防务；
第八军团负责西疆的防务。
除了这九个军团之外，全国还设有二百个民兵师，大约一百二十万人，民兵师属于地方部队。
这些地方部队的兵，平时在家务农做工或经商，只有训练的时候才集中在一起，主要的任务是维护地方治安。
再就是海军部舰船上的人员，包括水手及战斗人员。海军有六个舰队，每个舰队有三百艘船，二万五千人。
最后就是刘文秀的漕帮，大约有三万人，也是一支武装力量，负责保护京杭大运河的畅顺。
周世臣、江国荣担任军政院参谋部的正副参谋长，主政军政院参谋部。
直到1649年的年底，整个整编工作才告结束，高峻山坐镇军政院，签署下达了各种命令达二百五十三份之多。
1650年新年的前一天，高峻山被崇文学院的弟子们邀请去新落成的崇文图书馆，参加那里的迎新年大会。