新落成的崇文书院坐落在谷城南街的一条巷子里，这条巷子就叫枣刺巷，整条巷子都被书院包下，因巷子内种有枣树而得名。
巷子的东院是住宿区，西园是学习区。
这里的条件跟平凉比起来相差甚远，但是比起征战途中的临时驻地不知好了多少倍了。
崇文书院现有学子八百二十三人，教职人员一百五十八人，有一大半的教职人员都是崇文学院的毕业生。
高峻山是崇文书院的山长（校长），原山长黄叙主动让贤，自降为第一副山长，副山长还有孙元化、朱之瑜、方以智。
朱之瑜、方以智是由侯朝宗引荐过来的，这两位是明末著名的教育家、哲学家和科学家。
崇文学院也是要分班级的，按照入学的时间来分，一共有三个级，分别是：崇祯六年级、崇祯八年级、崇祯十年级，简称六年级、八年级、十年级；六年级有二个班，八年级有四个班，十年级有六个班。
因为是按照时间来分的，所以六年级是高年级，八年级是中年级，十年级是低年级。
低年级的弟子主要读《小学》、《四书》、《五经》、《周礼》、《太极》、《通书》、《西铭》、《性理》、《资治通鉴纲目》以及数学、古诗、古文等，学制为两年；
中年级的弟子仍继续深读《四书》、《五经》、《周礼》、《性理》、《资治通鉴纲目》，增加《文献通考》、《大学衍义》、《大学衍义补》等涉及实务的内容，同时增加有关数学、物理、天文、地理、农田水利、兵事兵法、古文古诗等方面的基本知识；
高年级的弟子仍继续深入钻研《四书》、《五经》、《周礼》，增加二十一史、典礼律令以及诸子百家关于经世致用、天文地理、农田水利、诗词古文等方面的书籍，同时进一步的分组学习，目前有十二个小组：军事，基础学科，天文航海，金属冶炼，医学，火药，枪炮制造，桥梁建筑，政治思想，戏曲、诗歌艺术，刑侦、谍报，信息传递，目的是培养一批专业化的人才。
冶炼所、矿业所、船舶所、车炮所、枪械所的顶尖技术人员都是高年级的客座教授。
高峻山每天上午给中低年级的弟子授一节课，给高年级的弟子授两节课。他知道，要推进科技的发展，必须是循序渐进的、长期的任务，经过这几年的努力，已经得到了可喜的成效，要使科技在明末有一个飞跃，路还很长。
书院在明朝的政治生活中，有着举足轻重的位置，三纲五常，天地君亲
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