率部出城追击，在此遇到洪承畴的主力。
洪承畴大喜，道：“孙将军守西安有功，我要向皇上为孙将军请功的。”
孙传庭拜谢道：“承蒙洪军制抬爱，传庭感激不尽!”
接着，洪承畴、孙传庭收拢兵马，合兵一处，在西安城下安营扎寨，运筹下一步的追剿计划。
第二日，洪承畴在行营之中，接到探马来报，高迎祥、李自成攻陷永寿，永寿知县薄匡宇战死。愤怒的洪承畴把手中的茶杯摔碎在地，迁怒于杨麒。
他怒火未消，又有探马来报，张献忠在商州被杨正芳击溃，逃至山阳，攻取丰阳关，游击周仕风领兵往照川堵截，被张献忠所杀，张献忠已经由水银山进入汉中。
洪承畴派杨正芳、余世任围堵张献忠的计划落空。
探马又报：高峻山逃窜至桐柏山，然后就不见踪影。
洪承畴得到这些战报，叹息不已，如果这些贼寇聚合在一起，他倒不怕，现在被他这么一追杀，贼寇东分西裂，凭洪承畴手中的兵马，已经应接不暇，顾头不能顾尾，他决定先解决陕西的问题，等剿灭了高迎祥、李自成、张献忠再腾出手来对付高峻山。
又过了几日，探马来报，高迎祥、李自成分兵进攻凤翔、平凉，洪承畴不得不再次分兵追击。
却说朱由检在北京得到洪承畴在陕西剿匪的塘报，对洪承畴很是失望，他认为，光是陕西一省，洪承畴就弄到如此地步，再让他兼管河南、山西等地的军事，势必难于成事。
匪患不除，朱由检寝食难安。于是，他下诏书，让洪承畴在西安固守陕西三边，派湖广巡抚卢象升，总理直隶、河南、山东、湖广、四川军务，还明确他们各自的职能：“洪承畴督剿西北，卢象升督剿东南。”