时间过得很快，叛逆的鲁鲁修这部动漫也终于在所有观众期待中如期播放。
而第一季中最后断章留的悬念在第二季也给观众解开了迷题。
鲁路修开的枪，只是并没有打中朱雀，而朱雀却将鲁路修抓了起来，然后把鲁路修被带到布里塔尼亚的皇帝面前。
而凭借着抓到了zero的功劳，朱雀也借此成为了帝国的圆桌骑士。
而主角则被人篡改了记忆，然后被送回十一区目的则是将.引出来。
主角鲁路修后来在黑色骑士团残余人员和.的帮助下恢复记忆。
而恢复记忆的鲁路修指挥着黑色骑士团很快就获得了一场战役的胜利。
剧情此刻已经又回到了爽番行列，只是，因为主角记忆被篡改的缘故，黑色骑士团还有其他一些事情都需要他去处理。
比如资深妹控鲁路修的妹妹还是没能找到，反而莫名其妙的多了一个名为洛洛的弟弟，而且关于他的妹妹的记忆更是被人换成了洛洛。
而那个名为洛洛的人也拥有技能，技能是让时间小范围的停止，能力如果利用的好的话还是很强的，他的任务就是监视鲁路修然后找到，并且在发现鲁路修恢复记忆以后杀掉他。
除了洛洛以外，在学校里面也有人监视鲁路修，而且黑色骑士团人员也损失不少，曾经的干部有不少都被抓走了，总之鲁路修恢复记忆以后面临的问题非常多。
为了解决当前的问题，鲁路修决定一边假装没有恢复记忆，一边想方设法营救黑色骑士团的那些人，并且还成功攻略了洛洛让他给自己卖命。
一切事情好像都在朝着好的方向转变的时候，关于十一区新任总督的人选却被选定为娜娜莉。
朱雀为了试探鲁路修到底有没有恢复记忆，就拨通了娜娜莉的电话，而鲁路修也在洛洛的帮助下争取了几秒钟时间跟娜娜莉简单说了一下自己的情况，当然，主角还是很谨慎的，他假装不认识娜娜莉防止自己记忆恢复的事情败露。
而在娜娜莉被护送的途中，鲁路修决定将她带有，于是命令黑色骑士团的众人发动袭击。
然后等鲁路修终于见到了自己的妹妹，而自己的妹妹却跟他说鲁路修的做法是错误的。
再之后鲁路修的妹妹告诉了鲁路修她心中的愿望，那就是继承尤菲米娅的遗愿重新建立行政特区，而且此时的她的请求跟曾经的尤菲米娅一样，希望身为zero的鲁路修能够加入，毕竟是自己妹妹说的话，资深妹控鲁路修
…。。