军事上，各公司都必须安插东洋军府旗军，一开始只是派遣旗军作为向导与保护安全，但随公司贸易额增加，不但凭年度税额扩编武装船队，安插的军官与旗军也会随其购买船舰加入公司。
东洋军府不参与经营，但收税并掌控武力。
最低年纳税一千两获得许可购买五条小鲨船、十门二斤炮、雇佣一百名武装水手；年纳税两万两获得许可购买十条小鲨船、两条四百料鲨船、雇佣四百名武装水手。
到最后年纳税百万两准购十艘六甲级战舰、两艘南塘级战舰及雇佣相应武装水手，一个公司的武力就等于两个卫。
即使东洋军府收三成税，现在的杨廷相也不认为会有哪个公司能得到购买南塘级战舰的财力，他觉得陈沐定下这个规矩就是单纯让人看看……但如果哪个公司能一年给朝廷交上哪怕一百万两，杨廷相觉得满朝文武没人会在意卖出两艘南塘舰。
万历爷可能蹦着跳着就把战船卖了。
“修吧，修吧。”
杨廷相扯掉发巾抬起双臂挠挠头，皱着眉头自言自语：“新西班牙得把小鲨船自造了，南塘舰估计这辈子都卖不出去，但小鲨船，恐怕要卖许多啊！”