在缅甸的最后两个月里，陈沐循规蹈矩地完成战争结束的善后。
三名主帅与云南地方官吏在事务分配上出乎意料的和谐。
绘制整个缅甸全面地图、制定两座府城直辖界限，向其他土司规定朝廷新税与皇帝供奉、招揽流民并分发土地制定税率、制定新的法令，这些都是南洋军府的工作。
俞大猷与刘显负责的则是十六万旗军在缅甸的布防、维持稳定、布告安民，除他们之外，还有云南地方派来官吏帮助管理土司百姓，教授开垦灌溉，姚安知府李贽起初被派到三宣六慰，他的职责是带着学生教化百姓。
不过紧跟着就被陈沐调至白古，担任白古建府后的第一任知府，调令是通过云南巡抚签发的，三宣六慰在名义上一直属云南地方辖制，不过如今中南三府实际受南洋军府管制，这在双方看来都是好事。
云南懒得管，南洋又想管，巡抚王凝当即向朝廷奏上手本，将新分出三府划给南洋军府，不过被驳了。
在此之间，陈沐还眼看着四个葡萄牙佣兵团聚起膨胀至一万一千兵势的乌合之众，拿着南洋大臣委任指挥使的官印通过关防，向阿拉干国都妙乌城展开进攻，与城中葡萄牙首领勃利多里应外合，收编驻军，在当地筑其两座充满异域风情的大明卫所。
一曰妙乌卫、一曰西海卫。
广东都指挥使白元洁紧跟着率军入驻，由云南地方调来教书先生向两卫军兵展开教化。
这样和平、稳定、闲适的生活一直持续到万历二年末，陈沐的一切工作有条不紊，陈沐的内心实际归心似箭。
直至战争结束后南洋军府收到消息，高拱这才将传信旗军送上前往马六甲的商船，并在那换乘军府辎重船，至白古城告知陈沐母子平安的消息，并附送一套四书五经，让他给孩子起名。
因为高拱很清楚陈沐没空在军府卫慢慢给孩子起名——皇帝的诏书直发南洋军府，言南洋大臣出洋已有四年，故招其半年内进京面圣述职。
说是半年，其实那是最后期限，因此陈沐在缅甸的最后一旬都用在编写三府六港规划及向白元洁、邓子龙交接工作上，忙得昏天黑地。
所谓三府六港，涵盖马六甲在内三座府城、六座海港，分别为安南升龙府、缅甸仰光府、白古府；顺化岘港、马六甲关防港、白古要塞港、阿拉干妙乌港、苏门答腊巨港以及占城港。
用陈沐先期发往北京手本上的话来说：南洋贸易给朝廷解决钱的问题，三府六港则给朝廷解决粮的
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