起来阻力最小。若是等到以后人手多了，形成了山头，那调整起来可就难了，而且说不定会破坏大好的局面。
刘佩最先调整的就是他自己。他首先成立了大元帅府，刘佩自认大元帅。大元帅府下面直辖的几个部门分别是侍卫营、科学院、总参谋部、报局和监察局。
侍卫营不用说了，就是刘佩的直属部队，负责保护刘佩和部分部门的的安全。
科学院起到的作用主要是指导刘佩未来发展的方向，以及进行科学技术的研究。关键是科学院里的人来历太复杂，不敢公开。所以必须由大帅府直接管辖。而且此时科学院里又增加了编制。刘佩又从现在拐回十几个人来。他们正有滋有味的在科学院里做研究、搞教育。自从这批人来了之后，刘佩就不打算再扩大科学院了。科学院由鲍德志总管。
至于报局由刘江管理，王传皓是副手。而实际上所有人都知道，所谓的报局就是大明朝的厂卫。不过剥夺了他们审讯和监的权利。但是其他的权利全部放给了报局。而且报局分为内外两部。内部自然是监察百官，外部就是对外的报搜集、侦查及策反工作。
监察部就相当于大明朝的御史。他们负责监察朝廷上下的百官以及民间的举动。
另外另个大头就是政务局和军务局了。政务局就是以方德纲为首的文官们，他们将统领所有的政务。下辖税务司、司法司、教育司、警察司、农业司、水利司、外交司、卫生司和财政司。
部门虽然不多，但是足够目前刘佩需要的了。以后随着刘佩地盘的扩大，再逐步的调整就可以了。
随后就是军队。军队将彻底分开，分为三大块。海军、陆军和后勤。
目前所有的海军舰队将整编为北海舰队第一舰队和第二舰队。第一舰队将由全部的新式战舰组成。主要负责海上交战。第二舰队全部由中式海船组成。负责进行倭国贸易和海上收税。