郑芝龙既是怀揣着主意来的，那么对南京方面原本的出师计划没有太大影响。
六月底，弘光朝廷任史可法为督师，会集左梦庚、袁时中、刘良佐、刘肇基、张天禄诸军共五万四千兵马渡江北伐，留刘孔炤、史德威等率领南京江防部队继续守护南京，另分方国安一支军队转进浙江。郑芝龙则重新鼓帆启程，部将施福、梁立、黄廷、成升、洪习山等分批次陆续率船队沿江入海。
南京有钱谦益坐镇，与江西总督袁继咸均对史可法军队的后勤负责，且其时新任凤阳总督瞿式耜走马上任大半个月了，他是钱谦益的心腹，有他策应，史可法军队一路畅行无阻，十分顺利。七月上旬抵达淮安、徐州交界，进驻吕梁山以东的邳州，距离山东仅仅咫尺之遥。
淮扬巡抚路振飞向史可法、左梦庚等述说了山东当前局势。
早在五月，清都察院参政祖可法、张存仁就曾向多尔衮建言：“山东乃粮运之道，山西乃商贾之途，急宜招抚。若二省兵民归我版图，则财赋有出，国用不匮矣。”多尔衮纳其言，先以明降臣方大猷为监军副使招抚山东，后又使明降臣王鳌永以户部、工部的名义前往山东收拾地方，更派固山额真巴哈纳、石廷柱以及平西王吴三桂等发兵作为后盾。
山东地面，自大顺军败出北京，原藩封山东的鲁王、德王等大明宗室或为顺军所杀或早已奔跑，各方势力风起云涌。嘉祥县满家洞的宫文彩、傅家楼的马应试都是趁势而起拥众万余的新兴大土寇，青州守备李士元、莱芜县德王府指挥毕维地、德平县参将高捷、武邑县游击袁灿然等等明朝旧臣亦大多与当地生员、乡绅联手肃清大顺官员占据城池。
清军进军山东，占领了北部德州、乐陵县等地后，清廷感到山西局势变化太快，更需兵力补充，故而决定将巴哈纳等军队转调山西。山东方面只让王鳌永、方大猷征召了数千散兵游勇稳定局面，虽说后续又委任了柯永盛为胶镇总兵负责扫平胶东，但仅凭王、方、柯三部，清军在山东的势力显然不牢固。且清军用摄政王多尔衮的名义在山东遍传檄文，收效并不理想。尤其是多尔衮强制军民剃发的政策，更激起怨声无数。山东各地继反顺之后开始大肆反清，各方势力犬牙交错，形势极为复杂。
“鞑子在五月间强令我汉家子弟剃发易服，引得天怒人怨。山东百姓盼我王师若盼时雨，我天兵一至，必得群起响应。”路振飞袒袖说道。他说百姓盼望左梦庚的军队，但其实左梦庚军队到来，最欣慰的是他。要不是顾及着形象，他真想声泪俱下
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