立案问题对于学校的名誉和学生的前途都关系重大。当时的很多规定对于未立案大学的毕业生有诸多限制：如不能当律师，不能考县长，不能当省立中学的教师等等。
胡适曾为学校立案作过多次积极的努力，1929年8月1日，胡适写信给当时教育部的部长蒋梦麟和次长马叙伦，报告中国公学申请立案却被上海市教育局延误的情况，希望教育部派人调查此事并促成立案。但是，这是个专权的社会，教育部的部长蒋梦麟和次长马叙伦自然有心无力，此事终因胡适当时对时政的批评等种种原因而一直拖延。
到了1930年初，胡适不愿因为自己的思想言论影响学校的立案，影响学生们将来毕业后的前途，于是向校董会提出辞职，并于1月12日获得批准。
2月8日，胡适发表辞去中国公学校长公告，公告说：“我自民国十七年四月底到校任事以来，已近二十个月了。这廿个月之中，多承诸位同事的努力和同学的体谅，我的职务实在是很轻松的。”胡适接着说，中国公学已达到学生上千人的规模，自己的管理能力有限，因此辞去校长之职，推荐马君武担任校长。辞职后自己准备结束一些学术研究工作，然后到美国耶鲁大学讲学。
公告一出，中国公学的教师、学生都很震惊。
2月14日，中国公学全体教员召开大会，议决以黄念远、胡耀楣为代表，竭诚挽留胡适。
校董会担心胡适的辞职会引起风潮，决定让胡适再维持一个时期。
5月初，胡适又向校董会提出辞职，中国公学的学生得知这个消息之后，召开全体学生大会，决定“宁可不立案，不能让胡校长辞职”。大会还派学生代表水泽柯等向校董会请愿。胡适于是召集全体学生讲话，他举了北平协和大学牺牲世界著名学者做校长以求立案的例子，最终说服了学生们。
5月19日，胡适辞去中国公学校长之职，由马君武继任，当天新旧校长举行交接典礼。据一位当年中国公学的学生陈咸森回忆，胡适辞职不久，上海各大报纸登出两条关于中国公学的消息：一是胡适辞去校长之职，马君武接任；二是教育部核准中国公学立案。
胡适任中国公学校长虽然只有短短的两年，但为中国公学的稳定和发展作出了杰出贡献，他的关于大学教育的一些理念也得到了实践，使中国公学成为“宁静得犹如我国古代的书院”的学习知识的场所。在他任期内，中国公学培养了一些著名的学生，包括胡适最为得意的物理学家吴健雄。
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