第二天（6月7日）下午，在胡适等人的主持下，北大全体教职员二百余人召开紧急大会，一致决议不承认胡仁源为北大校长，继续坚持要求政府催蔡元培返校复职。当天，全国学生联合会筹备处也公开致电总统府、国务院、教育部，坚拒胡仁源出任北大校长，继续坚持挽留蔡元培。
7月9日，胡适在《民国日报》的《觉悟》副刊上发表《论大学学制》，对恢复民国元年大学学制的提议表示异议，指出这个提案主要目的在于破坏蔡元培校长两年来的改革，使他难堪，不能回北大。胡适在文中为蔡元培改预科三年为两年、文理两科合并等改革措施进行了积极的辩护。
在各方的积极努力下，蔡元培终于在9月回北大复职。蒋梦麟被任命为总务长，胡适被任命为代理教务长，协助蔡元培工作。
在“拒胡迎蔡”的运动中，胡适由于在北大师生中有极高威信，他的作用是别的人无法取代的。