蔡元培始终关注着“中研院”，他不止一次的鼓励同仁：“人类历史本充满着打破困难的事实；于困难中觅得出路，正是科学家之任务。又况易地以后，新材料的获得，各方面人才之集中，当地原有机关之协助，亦有特殊便利之点。吾人决不因迁地之故而自馁！”
在此期间，他接受了叶企孙、陶孟和、傅斯年的建议，将“中研院”最终决定权授予评议会秘书翁文灏。在特定的条件下，这无疑是有利于“中研院”的存在和发展的重大举措。
新中国成立时，“中研院”的大部分机构很好地保留下来，成为科学事业的重要力量。对此，蔡元培功不可没。
蔡元培在香港养病期间，好友张静江曾邀请他同往美国，以便其获得更好的疗养。然而，蔡元培婉言谢绝，理由是：自己身负“中研院”职责、文化学术工作，这些均关系国家百年大计，未可一日停顿，实不能远离。
在香港的岁月，蔡元培的身体多在病中，不得不推辞众多的邀请。
蔡元培在香港唯一一次公开活动，是出席由宋庆龄领导的保卫中国大同盟和香港国防医药筹赈会联合在圣约翰大礼堂举办的美展开幕式。
这天，蔡元培精神大振，在包括港督罗富国在内的众多来宾面前，即兴发表演讲：
“抗战时期需要人人具有宁静而强毅的精神，不论是前方冲锋陷阵的将士，还是后方供给军需、救护伤兵、拯救难民的人员，以及其他从事于不能停顿之学术或事业者，有了这种精神，便能免于疏忽错乱散漫等过失，从而在全民抗战中担当起一份任务……”
在抗战初期的困难时刻，蔡元培始终有一种自信的乐观与豪情，并不时鼓荡起铁马金戈般的壮烈情怀。这种情怀，在其诗作中有很强烈的表现：
“枫叶获花瑟瑟秋，江州司马感牢愁。
“而今痛苦何时已，白骨皑皑战血流。”
这是他当时写给陆丹林的诗。
“世号诗史杜工部，亘古男儿陆渭南。
“不作楚囚相对态，时闻谔谔展雄谈。”
这是他读完友人《八一三纪事诗》所题的一首七绝。
透过这些字里行间溢出的爱国激情，不难看出病居香港的蔡元培既有“江州司马”的愁怀，又思慕那“亘古男儿”的气概。
最能说明这时期蔡元培壮心不已的文字，莫过于他被国际反侵略运动大会中国分会推为第二届名誉主席后，为该会会歌所作的歌词。
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